Team:USTC Software/notebook

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== BERKERLY DB XML 介绍 by LIAO CHEN ==
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{{Team:USTC_Software/Header}}
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<html>
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<style type="text/css">
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table.calendar          { margin: 0; padding: 10px; }
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table.calendar td      { margin: 0; padding: 2px; vertical-align: top; }
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table.month .heading td { padding:2px; background-color:#66b3ff; color:#ffffff;
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text-align:center; font-size:120%; font-weight:bold; }
 +
table.month .dow td    { color:#000000; text-align:center; font-size:110%; }
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table.month td.today    { background-color:#66b3ff; }
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table.month td {
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border: none;
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margin: 0;
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padding: 1pt 1.5pt;
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font-weight: bold;
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font-size: 100%;
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text-align: right;
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background-color: white;
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}
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#bodyContent table.month a {
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background:none; padding:0 }
 +
.day-active { color:#0000aa }
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.day-empty  { color:#aaa }
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</style>
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</html>
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==Monthly Notebook==
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{| style="background-color:white; " align="center" border="1"
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|-valign="top"
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|width=200px; align="center" |[https://2010.igem.org/Team:USTC_Software/notebook_5 May]
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|width=200px; align="center" |[https://2010.igem.org/Team:USTC_Software/notebook_6 June]
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|-valign="top"
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|width=200px; align="center" |[https://2010.igem.org/Team:USTC_Software/notebook_7 July]
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|width=200px; align="center" |[https://2010.igem.org/Team:USTC_Software/notebook_8 August]
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|width=200px; align="center" |[https://2010.igem.org/Team:USTC_Software/notebook_9 September]
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|width=200px; align="center" |[https://2010.igem.org/Team:USTC_Software/notebook_10 October]
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|}
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==Daily Notebook==
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== 新手入门1 基本操作==
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{| style="background-color:#ffffff;" align="center" border="1""
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|-valign="top"
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http://www.oracle.com/technology/global/cn/products/berkeley-db/xml/index.html 下载BDB （Berkerly DB XML 2.5)，可以很好支持XML文件的查找与插入，删除，索引操作，既支持命令行也支持应用程序的调用。
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|{{ #calendar: query=preload=Team:USTC_SOFTWARE/Template/Meetings
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|title=Team:USTC_SOFTWARE/Notebook/Meetings |year=2010 |month=03 }}
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在BDB中，所有的文件存在container中，这些container实际上是XML文档和其他信息的集合，它即可作为整个文档（一个单元）存储，又可作为许多结点存储－－这时整个文档分解为一个一个小的结点。
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|{{ #calendar: query=preload=Team:USTC_SOFTWARE/Template/Meetings
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|title=Team:USTC_SOFTWARE/Notebook/Meetings |year=2010 |month=04 }}
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这个软件的安装比较诡异，在install/bin/里面有dbxml的命令，直接输入（我是运行完外面的build.sh后才运行的，安装时间暴长...)。这时出现prompt。注意：每一个xml文档都存在container中，container是xml文档的集合，它还包括索引，metadata（data about data)。我们首先要创建一个container对象：
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|{{ #calendar: query=preload=Team:USTC_SOFTWARE/Template/Meetings
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|title=Team:USTC_SOFTWARE/Notebook/Meetings |year=2010 |month=05 }}
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dbxml> createContainer <CONTAINER NAME>
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|{{ #calendar: query=preload=Team:USTC_SOFTWARE/Template/Meetings
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|title=Team:USTC_SOFTWARE/Notebook/Meetings |year=2010 |month=06 }}
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这里不像mysql需要打开数据库（use <database name>），DBD会自动为我们打开。DBD管理文档的格式不是组织关系数据库，无须像mysql一样要定义每一个表的格式，比如create table phonebook values (id INT(3) not null, varchar(120)...)，它直接输入xml格式的文件即可：
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|-valign="top"
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|{{ #calendar: query=preload=Team:USTC_SOFTWARE/Template/Meetings
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dbxml> putDocument phone1 '<phonebook>
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|title=Team:USTC_SOFTWARE/Notebook/Meetings |year=2010 |month=07 }}
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<name>
+
|{{ #calendar: query=preload=Team:USTC_SOFTWARE/Template/Meetings
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<first> liao </first>
+
|title=Team:USTC_SOFTWARE/Notebook/Meetings |year=2010 |month=08 }}
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<second> chen </second>
+
|{{ #calendar: query=preload=Team:USTC_SOFTWARE/Template/Meetings
-
</name>
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|title=Team:USTC_SOFTWARE/Notebook/Meetings |year=2010 |month=09 }}
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<phone type="mobile">xxxxx5873</phone>
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|{{ #calendar: query=preload=Team:USTC_SOFTWARE/Template/Meetings
-
</phonebook>' s
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|title=Team:USTC_SOFTWARE/Notebook/Meetings |year=2010 |month=10 }}
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|}
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这里要注意三点，第一是这种格式的输入（当然可以load文件）的xml文档是以单引号为起始终止限定符，第二是s结尾是说xml以string格式输入新的document，第三是它和mysql不一样，不用打分号作为一个语句的结束。
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下面我门说XQuery，我们可以理解它和SQL SELECT语句是差不多的。XPATH是XQuery的中心实现，它就是一系列语句，用于查询XML文档数据集合的子集。它和SQL查询有些类似，比如我们要查<CONTAINER NAME>这个collection中的/phonebook/name/first这个结点的所有的记录，我们输入
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dbxml> query 'collection("<CONTAINER NAME>")/phonebook/name/first/string()'（给出找到了几个拥有这个first的记录）
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dbxml> print (会打印出找到的结点的VALUE）
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这条语句将找到的记录的/phonebook/name/first的结点的值以STRING形式显示。理解XPATH语句是必备的。query的表达式分为两个部分，第一个是导航函数collection()，用它定位文件，后面是搜索的表达式，它遵循XPATH语法格式。collection支持多个文件搜索(collection("CONTAINER1"） | collection( "CONTAINER2"))，中间用管道符连接。
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如果输入query 'collection("<CONTAINER NAME>")/phonebook[name/first="liao"]/phone[@type=“mobile"]/string()'就是查询在phonebook的字节点下的name/first结点值为liao的那些记录（这是条件查询，用[])的phone字节点的属性(@表示属性）为mobile的值有多少。
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Query的条件搜索expression格式很多，我在下面会列出最重要的一些命令，其他的命令看dbxml> help. 对于每一条命令，可以查询其细节，help <COMMAND>.
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== 新手入门2 Xpath的使用 ==
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Xpath是XML PATH LANGUAGE的简写。
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首先我发现DBD支持用脚本语言批量生成XML文件
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putDocument "" '
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for $i in (0 to 1000)
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return
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<part number="{$i}">
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<description>Description of {$i}</description>
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<category>{$i mod 10}</category>
+
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{
+
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if (($i mod 10) = 0)
+
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then <parent-part>{$i mod 3}</parent-part>
+
-
else ""
+
-
}
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</part>' q
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它还支持shell的运算，比如可以在其中插入{$i mod 3}的运算。还有if...else...end语句块。格式是
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if (CONDITION)
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then （类似于<lable attribute="">value</lable>这样的东西就会加入一个XMLnode）
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else
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比如说我想搜索这1000条记录中有parent-part这个属性的记录（这一句是包含在if－else块中，不是每个都有的），我可以输入
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query '
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collection("parts.dbxml")/part[parent-part]'
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这里首先测试[parent－part]是否为真，然后返回记录，注意这时返回的是以part这个结点为根结点的树形结构。如果将/part[parent-part]改为/part/parent-part呢？大家可以print一下就知道差别了。因为这里返回的是以parent－part为根结点的树。
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比较两个句子的差别。
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Latest revision as of 20:58, 25 October 2010

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