Team:Freiburg Bioware/NoteBook/Labjournal/March

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The alignment showed significant differences in the sequences of several AAV genomes,  
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Seltsamerweise waren vor allem bei AAV2 einige auffällige Sequenzunterschiede vorhanden, die zu Frameshifts führten. Der Grund hierfür könnte sein, dass die Sequenzdaten von 1983 stammten und deshalb nicht als vollständig richtig eingestuft werden können. Im Zweifelsfall ist es besser sich auf die Sequenz von Stratagene zu verlassen.
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resulting in frame shifts.
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We decided to rely on the Stratagene sequence
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Notably, the alignment showed differences in the various AAV2 sequences, some of which are leading to frameshifts. The sequences date from 1983 and might not be completely accurate. We therefore rely on the Stratagene sequence from now on.
'''To do:'''
'''To do:'''
*download and compare further AAV serotypes. (In Geneious)
*download and compare further AAV serotypes. (In Geneious)
*compare literature
*compare literature
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*find out which possibilities are given to modify the Capsid
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*find out possible ways to modify the Capsid
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Revision as of 15:09, 14 September 2010

1. Labday 31.03.2010

Sequence analysis

Investigators: Christian W., Bea, Kira, Achim, Kerstin, Hanna, Christian L. (Tobias, Kristian)


Theoretical cloning


Sequence analysis (Alignement) of the Stratagene Vector with

  • AAV2
  • AAV5
  • AAV7
  • AAV8

result: Media:AAV_alignment.pdf
Seltsamerweise waren vor allem bei AAV2 einige auffällige Sequenzunterschiede vorhanden, die zu Frameshifts führten. Der Grund hierfür könnte sein, dass die Sequenzdaten von 1983 stammten und deshalb nicht als vollständig richtig eingestuft werden können. Im Zweifelsfall ist es besser sich auf die Sequenz von Stratagene zu verlassen.

Notably, the alignment showed differences in the various AAV2 sequences, some of which are leading to frameshifts. The sequences date from 1983 and might not be completely accurate. We therefore rely on the Stratagene sequence from now on.

To do:

  • download and compare further AAV serotypes. (In Geneious)
  • compare literature
  • find out possible ways to modify the Capsid

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