Team:Cambridge/Oligos

From 2010.igem.org

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(Notes on alterations to the SLOCK pHK724 clone)
 
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attaccgcctttgagtgagc
attaccgcctttgagtgagc
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===The Vibrio Lux operon===
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[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/5726577 AF170104-1]
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===The Phosphoreum Lux operon===
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[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/166797857 DQ988873]
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[http://partsregistry.org/cgi/partsdb/dna.cgi?part_name=BBa%20I0500 Pbad Promoter Part]
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[http://www.fasebj.org/cgi/reprint/7/11/1016 Phosphoreum LuxL gene upstream of LuxC]
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[[Team:Cambridge/PhosphoreumOligos | The phosphoreum oligos we ordered]]
===Notes on alterations to the SLOCK pHK724 clone===
===Notes on alterations to the SLOCK pHK724 clone===
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*How to design a [http://partsregistry.org/Ribosome_Binding_Sites/Design RBS]
*How to design a [http://partsregistry.org/Ribosome_Binding_Sites/Design RBS]
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===luxICDABE operon===
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[[Team:Cambridge/OligoOrderVibrio13.08.10 | Oligo Order for Vibrio Fischeri on 13.08.10]]
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+
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+
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gggaagtgagtaacccaaatatcgcaaccttctaaatcacgcttggcaaa
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+
-
gttcatctgtatctgcactgtctgatacaccatgtgggtagccattaaat
+
-
ccaacagaaacaatacggttatgcttggtgattactgcaccaacttgagt
+
-
cgac
+
-
===luxR===
+
[[Team:Cambridge/OligoOrderVibrio17.08.10 | Oligo Order for Vibrio Fischeri on 17.08.12]]
-
ATGAAAAACATAAATGCCGACGACACATACAGAATAATTAATAAAATTAA
+
 
-
AGCTTGTAGAAGCAATAATGATATAATCAATGCTTATCTGATATGACTAA
+
===Firefly Oligos to be ordered===
-
AATGGTACATTGTGAATATTATTTATTCGCGATCATTTATCCTCATTCTA
+
*[[Team:Cambridge/mutagenesisprimers17.08.10 | Mutagenesis Oligos to be ordered before DNA 2.0 comes through]]
-
TGGTTAAATCTGATATTTCAATCTAGATAATTACCCTAAAAAATGGAGGC
+
*[[Team:Cambridge/biobrickingoligosfirefly | Oligos to biobrick our DNA 2.0 order]]
-
AATATTATGATGACGCTAATTTAATAAAATATGATCCTATAGTAGATTAT
+
 
-
TCTAACTCCAATCATTCACCAATTAATTGGAATATATTTGAAAACAATGC
+
===Our first attempts at oligo design (a little excessive)===
-
TGTAAATAAAAAATCTCCAAATGTAATTAAGAAGCGAAAACATCAGGTCT
+
 
-
TATCACTGGGTTTAGTTTCCCTATTCATACGGCTAACAATGCCTTCGGAA
+
[[Team:Cambridge/Biobrickingluxoperon | Oligos to BioBrick the whole lux operon]] (never ordered as too expensive)
-
TGCTTAGTTTTGCACATTCAGAAAAAGACAACTATATAGATAGTTTATTT
+
 
-
TTACATGCGTGTATGAACATACCATTAATTGTTCCTTCTCTAGTGTATAA
+
[[Team:Cambridge/luxICDABEoperon | luxICDABE operon sequence]] from NCBI
-
TTATCGAAAAATAAATATAGCAAATAATAAATCAAACAACGATTTAACCA
+
 
-
AAAGAGAAAAAGAATGTTTAGCGTGGGCATGCGAAGGAAAAGGCTCTTGG
+
[[Team:Cambridge/LuxR | LuxR sequence]] from NCBI
-
GATATTTCAAAAATATTAGGCTGCAGTGAGCGTACTGTCACTTTCCATTT
+
-
AACCAATGCGCAAATGAAACTCAATACACCAAACCGCTGCCAAAGTATTT
+
-
CTAAAGCAATTTTAACAGGAGCAATTGATTGCCCATACTTTAAAAATTAA
+
==Thioesterase==
==Thioesterase==
Line 222: Line 56:
AGTGA
AGTGA
-
Forward primer:  
+
Forward Primer:
-
gaattcgcggccgcttctagagGTGAATACAACGCTGTTTCG prefix + 20bp
+
 
 +
gaattcgcggccgcttctagaGTGAATACAACGCTGTTTC
 +
 
 +
Complement (for Gibson):
 +
 
 +
GAAACAGCGTTGTATTCACtctagaagcggccgcgaattc
 +
 
 +
Bacward primer:  
 +
 
 +
ctgcagcggccgctactagtaTCACTGCTTAAACTCCG
 +
 
 +
Complement:
 +
 
 +
CGGAGTTTAAGCAGTGAtactagtagcggccgctgcag
 +
 
 +
 
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Latest revision as of 10:27, 18 August 2010