Template:KIT-Kyoto-Augsut23
From 2010.igem.org
August 23
No title
【時間】 9:00~21:00
【実験担当】岩城,竹内,中村,臼井,吉村
【実験名】
(1)大腸菌の生存曲線を調べる
(2)dps,grxA,trxCおよびoxyRのPCR+電気泳動によるチェック
(3)dps,acrABのDNA濃度測定
【実験目的】
(1)大腸菌の生存曲線を調べる(1日目)
(2)活性酸素応答のプロモーターをPCRで増やし、ちゃんと増えたかを泳動でチェック
(3)dps,acrABのDNA濃度を測定し、PCRして増やすのに十分な濃度であるかを確認する。
【実験内容】
(1)30% H2O2(500μl)とミリQ(600μl)で4MのH2O2をつくる
↓
4M H2O2(250μl)とミリQ(750μl)で1MのH2O2をつくる
↓
以下10倍希釈していき、1nM H2O2まで作成。
次にDH5αのシングルコロニーをピックアップ
↓
LB(-amp)(2ml)でプレカルチャー(37℃でインキュベート、overnight)
(2)dps,grxA,trxCおよびoxyRのPCRを以下の組成、設定で行った。
〈組成〉(dps,grxA,trxC) 〈組成〉(oxyR)
・PrimerR・・・・・・・1.5μL ・PrimerR・・・・・・・・・・・・3μL
・PrimerF・・・・・・・1.5μL ・PrimerF・・・・・・・・・・・・・3μL
・dNTP・・・・・・・・5μL ・dNTP・・・・・・・・・・・・・・・20μL
・Buffer・・・・・・・5μL ・Buffer(KOD-FX)・・・50μL
・DNA(DH5α)・・・0.5μL ・DNA(DH5α)・・・・・・・・2μL
・MgSO4・・・・・・・4μL ・MilliQ・・・・・・・・・・・・・・20μL
・MilliQ・・・・・・・・・・31.5μL ・KOD-FX・・・・・・・・・・・2μL
・KOD-Plus・・・・・・・1μL
全量・・・・・・・・・・・・50μL 全量・・・・・・・・・・・・・・・100μL
〈PCRの設定〉
1.Pre Penature・・・94℃―2min 1.Pre Penature・・・94℃―2min
2.Denature・・・・・・・94℃―15sec 2.Denature・・・・・・・94℃―10sec
3.Annealing・・・・・・59.7℃―30sec 3.Annealing・・・・・・52℃―30sec
4.Extension・・・・・・68℃―30sec 4.Extension・・・・・・68℃―45sec
5.+Extension・・・・・68℃ー2min 5.+Extension・・・・・68℃ー2min
*dps、grxA 、trxC *oxyR
またPCR後、それぞれ電気泳動によるチェックを1回目 100V、20min EtBr 20min
2回目 135V、15min EtBr 10min で行った。
(3)吸光計により、dpsとacrABのOD260を5回測定し、その平均をとった。
【実験結果】
(2)1回目の電気泳動で、grxA、trxC のバンドがほとんど確認されなかった。
2回目を行ったところ、1回目よりはバンドがよく見えたが、十分に増えたとは言えなかった。
*詳細は写真参照
(3)吸光度の測定結果
以下の吸光度の結果から、PCRに十分と判断された。
吸光度 dps acrAB
1回目 0.340 0.565
2回目 0.329 0.555
3回目 0.314 0.556
4回目 0.309 0.556
5回目 0.312 0.551
平均値 0.321 0.557