Team:HokkaidoU Japan/home jp

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==[[Team:HokkaidoU_Japan/Projects|Dr. ''E. coli'' : The smallest protein injector in the world]]==
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==[[Team:HokkaidoU_Japan/Projects_jp|Dr. ''E. coli'' : 世界最小の注射器]]==
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;Our main project is on Type III Secretion Apparatus which is one of the most amazing biological devices. This apparatus which looks like a syringe can pass a whole protein molecule from a bacterial cell to a target eukaryotic cell. However, this apparatus is an organelle of pathogenic gram-negative bacterium such as ''Salmonella'' and ''Yersinia''. So we are aiming at making this device safely available using ''E. coli''.
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;私たちのマインテーマは三型分泌装置を大腸菌に乗せ替えて機能を確かめると言うものです。菌にあるも器官の中で三型分泌装置は驚くべきものだと思います。この注射器に似た装置はタンパク質を菌の中から標的の真核細胞に打ち込むためのものです。しかしこの装置は病原性グラム陰性菌であるヤルシニアやサルモネラの器官です。私たちが非病原性の大腸菌を用いてそれを安全使えることを目指しました。
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==[[Team:HokkaidoU_Japan/Projects/PCR|PCR Based Assembly Protocol]]==
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;Sometimes standard protocol fails to produce plasmid or BioBrick is toxic to host cell and can't be amplified. In moments like these PCR is handy. We think we might slightly improved it. You no longer have to guess if restriction was successful.
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==[[Team:HokkaidoU_Japan/Projects/PCR_jp|PCR用のアセンブリープロトコール]]==
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;時々、スタンダードプロトコールでプラスミドが増えなかったり、BioBrickがホストセルに有害で増幅されないこともある。こんな時にPCRはすごく役立つ。私たちはPCRを使った場合、制限酵素処理の合否がすぐ分かるように改善を加えました。
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;The Hokkaido University's igem 2010 team, HokkaidoU_Japan is Japans 8th Our has one instructer and 7 undergrad students.They come from faculty of Sciences, Medicine and Agriculture. This is the first year we are participating in iGEM.
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;北海道大学のigemのチームは日本で8番目に作られたチームです。一人のインストラクターと8人の学部生から構成されています。学部生の所属は理学部、医学部、農学部と様々です。今年、北大はチームはiGEM発出場である。
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=[[Team:HokkaidoU_Japan/Notebook|Notebook]]=
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=[[Team:HokkaidoU_Japan/Notebook_jp|実験ノート]]=
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;成功と失敗の記録。失敗がたくさんあった道のりでしたが最終的にうまくいった。（実験ノートは英語でかかれています）
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The record of our triumphs and failures. Well big part of it is failures. But we did it.
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=[[Team:HokkaidoU_Japan/Protocols|Protocols]]=
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General protocols we used.
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私たちが使ったプロトコール集である。（現在英語、翻訳不定）
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<div id="parts" class="homepics">[[Team:HokkaidoU_Japan/Parts_jp| ]]</div>
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;We registered two parts associated with main project. One is a signal sequence that can be used to secrete tagged proteins through Type III Secretion Apparatus. The other is whole reporter construct to checks whether the Type III secretion system works correctly.
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;私は本テーマに関連した2つのパーツを登録しました。一つ目はタンパク質につける分泌シグナルで三型分泌装置に分泌させるためのもの。もう一方は三型分泌装置が正しく機能するかどうかを検証するためのレポーターである。
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;Also, we registerd one primer set which is useful for the PCR based protocol.
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;またPCR用のアセンブリープロトコールに役立つプライマーセットも登録した。
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=[[Team:HokkaidoU_Japan/Safety|Safety]]=
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=[[Team:HokkaidoU_Japan/Safety_jp|生物安全]]=
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<div id="safety" class="homepics">[[Team:HokkaidoU_Japan/Safety_jp| ]]</div>
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;Addressing bio safety concerns
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;生物を取り扱うことに当たっての安全策
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=Acknowledgements=
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=謝辞=
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== Laboratory and Personnel ==
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== 研究室、企業および人 ==
* Ken-ichi Yamazaki
* Ken-ichi Yamazaki
** Associate Professor/Environmental Molecular Biology/Graduate School of Environmental Earth Science/Hokkaido University
** Associate Professor/Environmental Molecular Biology/Graduate School of Environmental Earth Science/Hokkaido University
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** Associate Professor/Environmental Molecular Biology/Graduate School of Environmental Earth Science/Hokkaido University
** Associate Professor/Environmental Molecular Biology/Graduate School of Environmental Earth Science/Hokkaido University
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Thank you for letting us use some of the lab equipment.
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Thank you for letting us use some of the resources or equipment.
==Academic Institutions==
==Academic Institutions==

Latest revision as of 02:38, 22 April 2011

English / 日本語

プロジェクト

Dr. E. coli : 世界最小の注射器

   私たちのマインテーマは三型分泌装置を大腸菌に乗せ替えて機能を確かめると言うものです。菌にあるも器官の中で三型分泌装置は驚くべきものだと思います。この注射器に似た装置はタンパク質を菌の中から標的の真核細胞に打ち込むためのものです。しかしこの装置は病原性グラム陰性菌であるヤルシニアやサルモネラの器官です。私たちが非病原性の大腸菌を用いてそれを安全使えることを目指しました。

PCR用のアセンブリープロトコール

   時々、スタンダードプロトコールでプラスミドが増えなかったり、BioBrickがホストセルに有害で増幅されないこともある。こんな時にPCRはすごく役立つ。私たちはPCRを使った場合、制限酵素処理の合否がすぐ分かるように改善を加えました。

チーム

   北海道大学のigemのチームは日本で8番目に作られたチームです。一人のインストラクターと8人の学部生から構成されています。学部生の所属は理学部、医学部、農学部と様々です。今年、北大はチームはiGEM発出場である。

実験ノート

   成功と失敗の記録。失敗がたくさんあった道のりでしたが最終的にうまくいった。（実験ノートは英語でかかれています）


プロトコール

    私たちが使ったプロトコール集である。（現在英語、翻訳不定）

パーツ

   私は本テーマに関連した2つのパーツを登録しました。一つ目はタンパク質につける分泌シグナルで三型分泌装置に分泌させるためのもの。もう一方は三型分泌装置が正しく機能するかどうかを検証するためのレポーターである。

   またPCR用のアセンブリープロトコールに役立つプライマーセットも登録した。

生物安全

   生物を取り扱うことに当たっての安全策





謝辞

研究室、企業および人

  • Ken-ichi Yamazaki
    • Associate Professor/Environmental Molecular Biology/Graduate School of Environmental Earth Science/Hokkaido University
  • Hideaki Higashi
    • Associate Professor /Division of Molecular Oncology/ Institute for Genetic Medicine/ Hokkaido University
  • Hisatoshi Shida
    • Professor/Molecular Biology/Institute for Genetic Medicine/ Hokkaido University
  • Takashi Oohashi
    • Associate Professor /Division of Molecular Oncology/ Institute for Genetic Medicine/ Hokkaido University
  • Members of Yamazaki Lab
  • Masaaki　Morikawa
    • Professor/Environmental Molecular Biology/Graduate School of Environmental Earth Science/Hokkaido University
  • Hidetoshi Okuyama
    • Associate Professor/Environmental Molecular Biology/Graduate School of Environmental Earth Science/Hokkaido University

Thank you for letting us use some of the resources or equipment.

Academic Institutions

  • Salmoneｌｌa Genetic Stock Center/University of Calgary
    • Provided E.coli with BAC vector library coding for Type 3 Secretion Apparatus and SlrP signal
  • Graduate School of Environmental Earth Science
  • Department of biological science/School of Sciense
  • Institute for Genetic Medicine

Companies

  • Amino Up Chemical
  • ECONIXE
  • Cosmo Bio
  • Mendel　Workshop

Person

  • Tadasu Emoto
    • Manager of ECONIXE





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