Team:Warsaw/Calendar-Stage1/12 July 2010

From 2010.igem.org

(Difference between revisions)
Line 13: Line 13:
Monday, 12 June 2010
Monday, 12 June 2010
<div class="note">Cloning GFP+terminator behind Anderson's RBSes </div>
<div class="note">Cloning GFP+terminator behind Anderson's RBSes </div>
-
<br>
+
<br>1. Finish the alkaline lysis from Saturday 10.07, samples: 2.1, 3.1, 4.1, 5.1, 6.1
-
<br>1. Dokończenie minilizy z soboty 10.07: 2.1, 3.1, 4.1, 5.1, 6.1
+
<div class="note">Cloning Connumity RBSes+GFP+terminator behind 23100 </div>
<div class="note">Cloning Connumity RBSes+GFP+terminator behind 23100 </div>
-
<br>2. Trawimy part 12.1 J23100 z promotorem [Bcu (Spe) + Pst], gel out
+
<br>2. Digest sample 12.1 J23100[synthetic promoter] with SpeI(Bcu)+ PstI,  
-
<br>3. Trawimy party z RBSami nie zawierającymi promotorów (RBS+GFP) 7.2 G, 8.1 E, 9.1 A, 11.1 P, 10.1 F [Xbal + Pst]
+
<br>Gel electrophoresis [Fig X]
-
<br>Elektroforeza, żel-out, ligacja z partem 12.1 J23100 po gel-oucie i transformacja mieszaniny ligacyjnej.
+
<br>3. Digest community RBSes-GFP-terminator, samples: 7.2 G, 8.1 E, 9.1 A, 11.1 P, 10.1 F with XbaI + PstI
-
<br>4. Trawimy 2.1, 3.1, 4.1, 5.1, 6.1 (RBS Andersona + GFP) [Eco +Pst] w celu sprawdzenia poprawności konstruktów. Elektroforeza. <br>Wszystkie klony są poprawne ( potrzebne zdjęcie żelu!)
+
<br>Gel electrophoresis {Fig X]
 +
<br> Ligation of sample 12.1 J23100 [promoter] with the community RBSes-GFP-terminator samples: 7.2 G, 8.1 E, 9.1 A, 11.1 P, 10.1 F
 +
 
 +
<br>
 +
 +
<br>4. Digest  2.1, 3.1, 4.1, 5.1, 6.1 (RBS Andersona + GFP) [Eco +Pst] w celu sprawdzenia poprawności konstruktów. Elektroforeza. <br>Wszystkie klony są poprawne ( potrzebne zdjęcie żelu!)
 
 
Line 28: Line 32:
3-ci żel: 11.1, 12.1
3-ci żel: 11.1, 12.1
-
5. Trawimy part 3.1 – Anderson z bricków (wektor ekspresyjny, zawierający najsilniejszy RBS), która posiada RFP  [Spe/Pst]
+
<div class="note">Cloning fluorescent proteins behind expression vector 3.1 and behind promoter J23100</div>
-
6. Trawienie białek fluorescencyjnych [Xba/ Pst], klonujemy pod wektor ekspresyjny. Białka fluorescencyjne:
+
5. Digest part part 3.1 – Anderson RBS from distribution (expression vector = promoter J23100+RBS)  with SpeI and PstI
 +
 
 +
6. Digest  fluorescent proteins with XbaI and PstI, klonujemy pod wektor ekspresyjny. Białka fluorescencyjne:
- GFP E240
- GFP E240
- CFP E0420
- CFP E0420
Line 37: Line 43:
- mCherry J67102*/ klonujemy bez RBS-u
- mCherry J67102*/ klonujemy bez RBS-u
- mCherry NLS J130012
- mCherry NLS J130012
 +
* może zawierac internal RBS. Sprawdzic – podklonowac pod promotor.
* może zawierac internal RBS. Sprawdzic – podklonowac pod promotor.
Gel – out tych bricków, ligacja z wektorem ekspresyjnym i transformacja
Gel – out tych bricków, ligacja z wektorem ekspresyjnym i transformacja
-
 
-
Warunki trawienia:
 
-
8 μl DNA
 
-
2 μl buforu
 
-
10 μl H2O
 
-
0,3 μl enzymów
 
-
20 μl reakcji
 
-
 
 +
<br>______________________________________________
 +
<br>Digest conditions, used for all reactions:
 +
<br>8 μl DNA
 +
<br>2 μl BamHI buffer
 +
<br>10 μl H2O
 +
<br>0,3 μl enzymów
 +
<br>20 μl final volume
 +
<br>digest for 3h
 +
<br>
 +
<br>Ligation conditions, used for all reactions:
 +
<br>25ul insert DNA
 +
<br>2ul vector DNA
 +
<br>3ul ligase buffer
 +
<br>30 ul final volume
 +
<br>overnight ligation
<br>
<br>

Revision as of 20:01, 13 July 2010

Example Tabs

Monday, 12 June 2010
Cloning GFP+terminator behind Anderson's RBSes

1. Finish the alkaline lysis from Saturday 10.07, samples: 2.1, 3.1, 4.1, 5.1, 6.1
Cloning Connumity RBSes+GFP+terminator behind 23100

2. Digest sample 12.1 J23100[synthetic promoter] with SpeI(Bcu)+ PstI,
Gel electrophoresis [Fig X]
3. Digest community RBSes-GFP-terminator, samples: 7.2 G, 8.1 E, 9.1 A, 11.1 P, 10.1 F with XbaI + PstI
Gel electrophoresis {Fig X]
Ligation of sample 12.1 J23100 [promoter] with the community RBSes-GFP-terminator samples: 7.2 G, 8.1 E, 9.1 A, 11.1 P, 10.1 F

4. Digest 2.1, 3.1, 4.1, 5.1, 6.1 (RBS Andersona + GFP) [Eco +Pst] w celu sprawdzenia poprawności konstruktów. Elektroforeza.
Wszystkie klony są poprawne ( potrzebne zdjęcie żelu!) Elektroforeza – zdjęcie (opis zdjęć wg kolejności naniesionych próbek): 1-szy żel: 2.1, 3.1, 4.1, 5.1, 6.1 2-gi żel: 7.2, 8.1, 9.1, 10.1 3-ci żel: 11.1, 12.1
Cloning fluorescent proteins behind expression vector 3.1 and behind promoter J23100
5. Digest part part 3.1 – Anderson RBS from distribution (expression vector = promoter J23100+RBS) with SpeI and PstI 6. Digest fluorescent proteins with XbaI and PstI, klonujemy pod wektor ekspresyjny. Białka fluorescencyjne: - GFP E240 - CFP E0420 - YFP E0430 - mOrange E2050* / klonujemy bez RBS-u - mCherry J67102*/ klonujemy bez RBS-u - mCherry NLS J130012 * może zawierac internal RBS. Sprawdzic – podklonowac pod promotor. Gel – out tych bricków, ligacja z wektorem ekspresyjnym i transformacja
______________________________________________
Digest conditions, used for all reactions:
8 μl DNA
2 μl BamHI buffer
10 μl H2O
0,3 μl enzymów
20 μl final volume
digest for 3h

Ligation conditions, used for all reactions:
25ul insert DNA
2ul vector DNA
3ul ligase buffer
30 ul final volume
overnight ligation

blablabla temat2

Retrieved from "http://2010.igem.org/Team:Warsaw/Calendar-Stage1/12_July_2010"