Team:USTC Software/notebook

From 2010.igem.org

Revision as of 07:20, 29 July 2010

Goals:

(1) our software works only for biobricks transported in E.coli cells at present, may be it works in other compartments, such as B.subtilis, or Yeast in the future.

Features:

(1) for each basic biobrick, users could choose its forward or backward element. A backward element has the same sequence on different strands with its forward element when reading from 5' to 3'.

技术贴： by liaochen

http://www.oracle.com/technology/global/cn/products/berkeley-db/xml/index.html 下载BDB （Berkerly DB XML 2.5)，可以很好支持XML文件的查找与插入，删除，索引操作，既支持命令行也支持应用程序的调用。

在BDB中，所有的文件存在container中，这些container实际上是XML文档和其他信息的集合，它即可作为整个文档（一个单元）存储，又可作为许多结点存储－－这时整个文档分解为一个一个小的结点。

这个软件的安装比较诡异，在install/bin/里面有dbxml的命令，直接输入（我是运行完外面的build.sh后才运行的，安装时间暴长...)。这时出现prompt。注意：每一个xml文档都存在container中，container是xml文档的集合，它还包括索引，metadata（data about data)。我们首先要创建一个container对象：

dbxml> createContainer <CONTAINER NAME>

这里不像mysql需要打开数据库（use <database name>），DBD会自动为我们打开。DBD管理文档的格式不是组织关系数据库，无须像mysql一样要定义每一个表的格式，比如create table phonebook values (id INT(3) not null, varchar(120)...)，它直接输入xml格式的文件即可：

dbxml> putDocument phone1 '<phonebook> <name> <first> liao </first> <second> chen </second> </name> <phone type="mobile">xxxxx5873</phone> </phonebook>' s

这里要注意三点，第一是这种格式的输入（当然可以load文件）的xml文档是以单引号为起始终止限定符，第二是以s为输入的结束，第三是它和mysql不一样，不用打分号作为一个语句的结束。