Team:HokkaidoU Japan/Notebook/October2

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Revision as of 15:40, 2 October 2010

Performed Colonie PCR for 3 colonies which were incubated over night
Colony numbers were: 1, 2 and 3
Results showed no insertion
- but when result came, had already done miniprep and prepared Sequencing Master Mix

5x Sequencing Buffer 1.5uL 24.75 uL Ready Reaction Premix 1 uL 16.5 H2O 5 uL 80 uL total 7.5/sample

10月1日に制限酵素処理したDNA solutionをゲル抽

左からλ/HindIII, pSB1T3, pSB1A3, Arabinose Promoter(3-20B), T3SS signal, T3SS signal
- T3SS signalはバンドが見えないため，制限酵素処理からやり直し．原因不明．

遅れてコロニーが出現したため，これらのうち12個（No.5~16）をPCR

8, 10, 11, 12, 15が当たりっぽい．
- 13, 14は微妙？
8, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16を2 mLのLBT(Tetracycline 15 ug/mL)に移して，培養
- 16はコントロール
- 翌日，Miniprepして一部をNot Iで処理，一部をシークエンサーにかける
  - Not Iで処理すると, およそ1800 bpのインサートが現れるはず

送られてきたBAC cloneからコロP

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 |}
 <div style="clear:both;"></div>
-=3 Piece Ligationやり直し=
+==3 Piece Ligation: Retry==
 [[Image:HokkaidoU Japan 20101002b.JPG|200px|right|thumb]]
-==ゲル抽==
+===[[Team:HokkaidoU_Japan/Protocols|Gel Extraction]]===
 月1日に制限酵素処理したDNA solutionをゲル抽
 *左からλ/''Hin''dIII, pSB1T3, pSB1A3, Arabinose Promoter([[Team:HokkaidoU_Japan/Material_And_Methods#Materials_And_Methods|3-20B]]), T3SS signal, T3SS signal
@@ Line 53: / Line 53: @@
 <div style="clear:both;"></div>
-=Colony PCR=
+==Colony PCR==
 [[Image:HokkaidoU Japan 20101002c.JPG|200px|right|thumb]]
+遅れてコロニーが出現したため，これらのうち12個（No.5~16）をPCR
+* 8, 10, 11, 12, 15が当たりっぽい．
+** 13, 14は微妙？
+* 8, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16を2 mLのLBT(Tetracycline 15 ug/mL)に移して，培養
+** 16はコントロール
+**翌日，Miniprepして一部をNot Iで処理，一部をシークエンサーにかける
+*** Not Iで処理すると, およそ1800 bpのインサートが現れるはず
+==T3SSのコロP==
 [[Image:HokkaidoU Japan 20101002d.JPG|200px|right|thumb]]
+送られてきたBAC cloneからコロP
+* Colony solution 7 uL, quick Taq 10 uL, primer(Forward and Reverse) 1.5 uL each
+* Extention: 90 sec, 40 cycles->
 [[Image:HokkaidoU Japan 20101002e.JPG|200px|right|thumb]]