Template:KIT-Kyoto-Augsut18

From 2010.igem.org

(Difference between revisions)

Revision as of 03:14, 14 September 2010

August 18

【時間】

9:00～

【実験担当】

岩城、古道、竹内、中村

【実験名】

(1)　BBa-K193602(melA)、BBa-K121013(GFP on pBS6)のストリーク

(2)　BBa-1732019、BBa-1732950のストリーク

(3)　コンピタントセルの調整(17日の続き)

(4)　l13522[2-(8A)]、R0040(1-6I)のトランスフォーメーション

(5)　pSB3K3、pSB6のプレカルチャー(前日の大量培養がコンタミした為)

(6)　pSB1A2の大量培養

(7)　pSB1C3(提出用ベクター)、pSB1A2(GFP on pSB1)のミディプレ

【実験目的】

(1)　BBa-K193602(melA)、BBa-K121013(GFP on pBS6)のシングルコロニーを得る

(2)　BBa-1732019、BBa-1732950のシングルコロニーを得る

(3)　作成したコンピタントセルの形質転換率の確認

(4)　l13522[2-(8A)]、R0040(1-6I)のトランスフォーメーション

(5)　19日以降、pSB3K3、pSB6を大量培養する

(6)　pSB1A2の大量培養

(7)　pSB1C3(提出用ベクター)、pSB1A2(GFP on pSB1)のミディプレ

【実験内容】

(1)　BBa-K193602(melA)、BBa-K121013(GFP on pBS6)のストリーク

　BBa-K193602(melA)、BBa-K121013(GFP on pBS6)をLBプレート(+amp)にストリークした

　↓37℃でインキュベートを行った(Overnight)

(2)　BBa-1732019、BBa-1732950のストリーク

　BBa-1732019、BBa-1732950をLBプレート(+amp)にストリークした

　↓37℃でインキュベートを行った(Overnight)

(3)　コンピタントセルの調整

　前日のDH5αのプレートから、シングルコロニーをピックアップした

　↓SOB培地 2mLに植え継ぎ、37℃、300rpmで6h 振とう培養した

　↓その後、SOC培地 250mLにDH5α全量を入れ、18℃、250rpmで振とう培養した

　↓しばらく時間をおいて濁度を測定し、様子をみた

　↓O.D＝0.4～0.8になるように調節した

(4)　l13522[2-(8A)]、R0040(1-6I)のトランスフォーメーション

　l13522[2-(8A)]、R0040(1-6I)をDH5αにトランスフォーメーションした

　↓37℃でインキュベート(Overnight)

(5)　pSB3K3、pSB6のプレカルチャー

　pSB3K3、pSB6のプレートから共に2番のシングルコロニーをピックアップした

　↓pSB3K3、pSB6をそれぞれLB培地(l)(+Km)、LB培地(l)(+amp)に植え継ぎ、37℃で振とう培養

(6)　pSB1A2の大量培養

　前日2mLで振とう培養していたpSB1A2及びpSB1C3を、それぞれLB培地(+amp)30mL、LB培地(＋ｸﾛﾗﾑﾌｪﾆｺｰﾑ)に大量培養

(7)　pSB1C3(提出用ベクター)、pSB1A2(GFP on pSB1)のミディプレ

　大量培養させておいたpSB1C3(提出用ベクター)、pSB1A2(GFP on pSB1)をそれぞれ50mLチューブに15～25mL程分注した

　↓比重計で、それぞれ等量を量った

　↓各チューブを4℃、4000×gで10min　遠心した

　↓この間、カラムにEQ1 10mLを加え、カラムを平衡化した

　↓遠心後、上清を捨てた

　↓沈殿にR3を4mLを加えてVortexを行った

　↓L7を4mLを加え、やさしく混合し、5min室温放置した

　↓N3を4mLを加えた

　↓室温、12,000×gで10min遠心した

　↓上清を保存し、先程、平衡化させておいたカラムの上に全量加えた

　↓カラムの上にW8 10mLを加え、洗浄した(×２)

　↓カラムの下に15mLチューブを設置し、E4 5mLを加え、DNAを洗浄した

＊以降の操作は翌日に繰り越した

【実験結果】

19日に確認を行った結果を以下に示す

(1)　BBa-K121013に関しては、シングルコロニーが得られたが、BBa-K193602はシングルコロニーが得られなかった

(2)　BBa-1732019、BBa-1732950を培養した結果、シングルコロニーが得られなかった

(3)　次の日に吸光度を測定するそれまでしばらく培養させておいた

(4)　R0040(1-6I)、I13522[2-(8A)]をトランスフォーメーション後、培養した結果、

前者は全く生えず、後者は生えたがコロニーに異常が見られた

(5)　pSB3K3、pSB6のプレカルチャー→培養完了

(6)　pSB1A2の大量培養→培養完了

(7)　pSB1C3(提出用ベクター)、pSB1A2(GFP on pSB1)のミディプレ→電気泳動で確認

＊写真参照

【考察】

(1)　BBa-K193602は生え過ぎの為、シングルコロニーが得られなかった。

これはストリークの際、菌液を十分に薄くしながら撒けなかったと考えられる

(2)　BBa-1732019、BBa-1732950についても生え過ぎていた為、(1)と同じ原因であると考えられる

(4)　R0040（1-6I）が生えなかった理由として、白金耳の熱により菌が死滅してしまっていた事が考えられる。

I13522[2-(8A)]に関しては、理由は不明であるが、コンタミした可能性がある。

@@ Line 1: / Line 1: @@
 == August 18 ==
+【時間】
-【時間】
 :9:00～
@@ Line 8: / Line 7: @@
 【実験名】
-:(1)　BBa-K193602（melA）、BBa-K121013（GFP on pBS6）のストリーク
+:(1)　BBa-K193602(melA)、BBa-K121013(GFP on pBS6)のストリーク
 :(2)　BBa-1732019、BBa-1732950のストリーク
-:(3)　コンピタントセルの調整（17日の続き）
+:(3)　コンピタントセルの調整(17日の続き)
-:(4)　l13522[2-(8A)]、R0040（1-6I）のトランスフォーメーション
+:(4)　l13522[2-(8A)]、R0040(1-6I)のトランスフォーメーション
-:(5)　pSB3K3、pSB6のプレカルチャー（←前日の大量培養がコンタミした為）
+:(5)　pSB3K3、pSB6のプレカルチャー(前日の大量培養がコンタミした為)
 :(6)　pSB1A2の大量培養
-:(7)　pSB1C3（提出用ベクター）、pSB1A2（GFP on pSB1）のミディプレ
+:(7)　pSB1C3(提出用ベクター)、pSB1A2(GFP on pSB1)のミディプレ
 【実験目的】
-:(1)　BBa-K193602（melA）、BBa-K121013（GFP on pBS6）のシングルコロニーを得る
+:(1)　BBa-K193602(melA)、BBa-K121013(GFP on pBS6)のシングルコロニーを得る
 :(2)　BBa-1732019、BBa-1732950のシングルコロニーを得る
 :(3)　作成したコンピタントセルの形質転換率の確認
-:(4)　l13522[2-(8A)]、R0040（1-6I）のトランスフォーメーション
+:(4)　l13522[2-(8A)]、R0040(1-6I)のトランスフォーメーション
 :(5)　19日以降、pSB3K3、pSB6を大量培養する
 :(6)　pSB1A2の大量培養
-:(7)　pSB1C3（提出用ベクター）、pSB1A2（GFP on pSB1）のミディプレ
+:(7)　pSB1C3(提出用ベクター)、pSB1A2(GFP on pSB1)のミディプレ
 【実験内容】
-:(1)　BBa-K193602（melA）、BBa-K121013（GFP on pBS6）のストリーク
+:(1)　BBa-K193602(melA)、BBa-K121013(GFP on pBS6)のストリーク
-::　BBa-K193602（melA）、BBa-K121013（GFP on pBS6）をLBプレート（+amp）にストリーク
+::　BBa-K193602(melA)、BBa-K121013(GFP on pBS6)をLBプレート(+amp)にストリークした
-::　↓37℃でインキュベートした（Overnight）
+::　↓37℃でインキュベートを行った(Overnight)
 :(2)　BBa-1732019、BBa-1732950のストリーク
-::　BBa-1732019、BBa-1732950をLBプレート（+amp）にストリーク
+::　BBa-1732019、BBa-1732950をLBプレート(+amp)にストリークした
-::　↓37℃でインキュベートした（Overnight）
+::　↓37℃でインキュベートを行った(Overnight)
-:(3)　コンピタントセルの調整（17日の続き）
+:(3)　コンピタントセルの調整
 ::　前日のDH5αのプレートから、シングルコロニーをピックアップした
 ::　↓SOB培地 2mLに植え継ぎ、37℃、300rpmで6h 振とう培養した
 ::　↓その後、SOC培地 250mLにDH5α全量を入れ、18℃、250rpmで振とう培養した
-::　↓吸光度測定した（＊実際は牛島さんに測っていただいた）
+::　↓しばらく時間をおいて濁度を測定し、様子をみた
+::　↓O.D＝0.4～0.8になるように調節した
-:(4)　l13522[2-(8A)]、R0040（1-6I）のトランスフォーメーション
+:(4)　l13522[2-(8A)]、R0040(1-6I)のトランスフォーメーション
-::　l13522[2-(8A)]、R0040（1-6I）をDH5αにトランスフォーメーションした
+::　l13522[2-(8A)]、R0040(1-6I)をDH5αにトランスフォーメーションした
-::　↓37℃でインキュベートした（Overnight）
+::　↓37℃でインキュベート(Overnight)
-:(5)　pSB3K3、pSB6のプレカルチャー（←前日の大量培養がコンタミした為）
+:(5)　pSB3K3、pSB6のプレカルチャー
 ::　pSB3K3、pSB6のプレートから共に2番のシングルコロニーをピックアップした
-::　↓pSB3K3、pSB6をそれぞれLB培地（l）（+Km）、LB培地（l）（+amp）に植え継ぎ、37℃で振とう培養した
+::　↓pSB3K3、pSB6をそれぞれLB培地(l)(+Km)、LB培地(l)(+amp)に植え継ぎ、37℃で振とう培養
 :(6)　pSB1A2の大量培養
-::　前日2mLで振とう培養していたpSB1A2及び、pSB1C3を、それぞれLB培地（+amp）30mL、LB培地（＋ｸﾛﾗﾑﾌｪﾆｺｰﾑ）に大量培養した
+::　前日2mLで振とう培養していたpSB1A2及びpSB1C3を、それぞれLB培地(+amp)30mL、LB培地(＋ｸﾛﾗﾑﾌｪﾆｺｰﾑ)に大量培養
-:(7)　pSB1C3（提出用ベクター）、pSB1A2（GFP on pSB1）のミディプレ
+:(7)　pSB1C3(提出用ベクター)、pSB1A2(GFP on pSB1)のミディプレ
-::　大量培養させておいたpSB1C3（提出用ベクター）、pSB1A2（GFP on pSB1）をそれぞれ50mLチューブに15～25mL程分注した
+::　大量培養させておいたpSB1C3(提出用ベクター)、pSB1A2(GFP on pSB1)をそれぞれ50mLチューブに15～25mL程分注した
 ::　↓比重計で、それぞれ等量を量った
-::　↓各チューブを4℃、4000×gで10min遠心した
+::　↓各チューブを4℃、4000×gで10min　遠心した
 ::　↓この間、カラムにEQ1 10mLを加え、カラムを平衡化した
 ::　↓遠心後、上清を捨てた
-::　↓沈殿にR3 4mLを加えて、Vortexした
+::　↓沈殿にR3を4mLを加えてVortexを行った
-::　↓L7 4mLを加え、やさしく混合し、5min室温放置した
+::　↓L7を4mLを加え、やさしく混合し、5min室温放置した
-::　↓N3 4mLを加えた
+::　↓N3を4mLを加えた
 ::　↓室温、12,000×gで10min遠心した
 ::　↓上清を保存し、先程、平衡化させておいたカラムの上に全量加えた
-::　↓カラムの上にW8 10mLを加え、洗浄した（×２）
+::　↓カラムの上にW8 10mLを加え、洗浄した(×２)
 ::　↓カラムの下に15mLチューブを設置し、E4 5mLを加え、DNAを洗浄した
 :＊以降の操作は翌日に繰り越した
+【実験結果】
+:19日に確認を行った結果を以下に示す
+:(1)　BBa-K121013に関しては、シングルコロニーが得られたが、BBa-K193602はシングルコロニーが得られなかった
+:(2)　BBa-1732019、BBa-1732950を培養した結果、シングルコロニーが得られなかった
+:(3)　次の日に吸光度を測定するそれまでしばらく培養させておいた
+:(4)　R0040(1-6I)、I13522[2-(8A)]をトランスフォーメーション後、培養した結果、
+::前者は全く生えず、後者は生えたがコロニーに異常が見られた
+:(5)　pSB3K3、pSB6のプレカルチャー→培養完了
+:(6)　pSB1A2の大量培養→培養完了
+:(7)　pSB1C3(提出用ベクター)、pSB1A2(GFP on pSB1)のミディプレ→電気泳動で確認
+::＊写真参照
+【考察】
+:(1)　BBa-K193602は生え過ぎの為、シングルコロニーが得られなかった。
+::これはストリークの際、菌液を十分に薄くしながら撒けなかったと考えられる
+:(2)　BBa-1732019、BBa-1732950についても生え過ぎていた為、(1)と同じ原因であると考えられる
+:(4)　R0040（1-6I）が生えなかった理由として、白金耳の熱により菌が死滅してしまっていた事が考えられる。
+::I13522[2-(8A)]に関しては、理由は不明であるが、コンタミした可能性がある。