Biobrick forward primer

>BBa_G00100 Part-only sequence (20 bp) tgccacctgacgtctaagaa

Biobrick backwards primer

>BBa_G00101 Part-only sequence (20 bp) attaccgcctttgagtgagc

The Vibrio Lux operon

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/5726577 AF170104-1]

The Phosphoreum Lux operon

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/166797857 DQ988873]

[http://www.fasebj.org/cgi/reprint/7/11/1016 Phosphoreum LuxL gene upstream of LuxC]

Notes on alterations to the SLOCK pHK724 clone

• The sequence which SLOCK sent us is just the sequence which is found on [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF170104.1 NCBI] (found by sequence alignment of the two sequences)
• We do not know exactly what is in the plasmid, maybe some information can be found in the references here
• From the annotated start of the lux ICDABEG operon from NCBI there are no restriction sites in conflict with the BioBrick standards.
• Editing ideas:
  • Remove I and G regions from the operon (are these useful?)
  • Attach suffices and prefixes
  • Is this sufficient to then put into a BioBrick? what Chassis should we use?
• A good [http://www.bio.cmu.edu/courses/03441/TermPapers/97TermPapers/lux/operon.html summary] of the lux operon with quality references
• How to design a [http://partsregistry.org/Ribosome_Binding_Sites/Design RBS]

Oligo Order for Vibrio Fischeri on 13.08.10

lux oligos

luxI

forward

gaattcgcggccgcttctagagAAGGGAGGTTGGTATGACTAT 

dG=0.11 Tm=58.45

reverse coding

atgatcatcgccggcgacgtcTTAATTTAAGACTGCTTTTTTAAACT

dG=-0.34 Tm=57.3

reverse RBS

atgatcatcgccggcgacgtcATAATATACTTAGTATTTAAAATAAATTAATGATTTA

dG=-0.34 Tm=56.83

luxC

forward

gaattcgcggccgcttctagagAGGGAAAATAATGAATAAATGTAT

Tm=56.07 dG=0.76

reverse coding

atgatcatcgccggcgacgtcCTATGGGACAAAAACTAAAAAC

dG=-0.77 Tm=56.58

reverse RBS

atgatcatcgccggcgacgtcTAACTATGGGACAAAAACTAAA

dG=-0.34 Tm=55.31

luxD

forward

gaattcgcggccgcttctagagAAGGAAATTATATGAAAGATGAAA

Tm=57.08 dG=0.11

reverse coding

atgatcatcgccggcgacgtcTTAAGCCAATTCTAATAATTCATT

dG=-0.34 Tm=57.19

reverse RBS

atgatcatcgccggcgacgtcTTGGTGATTCTGTTTATTTAAG

dG= -0.34 Tm=55.69

luxA

forward

gaattcgcggccgcttctagagAAAGGAATAGAGTATGAAGTTTGG

Tm=58.8 dG=0.76

reverse coding

atgatcatcgccggcgacgtcTTATTTAGGTTCTTTTAAGAAAGGAG

dG=-0.34 Tm=58.66

reverse RBS

atgatcatcgccggcgacgtcTTATCTCTAGTATCAAATAAGTAATTTATTTAGG

dG=-0.34 Tm=58.84

luxB

forward

gaattcgcggccgcttctagagTAAGGAACAAGTTATGAAATTTG

Tm=57.09 dG=0.47

reverse coding

atgatcatcgccggcgacgtcTTATGGTAAATTCATTTCGATT

dG=-0.34 Tm=57.2

reverse RBS

atgatcatcgccggcgacgtcAATACCTAATATCAACAGAAATTTAAA

dG=-0.34 Tm=56.89

luxE

forward

gaattcgcggccgcttctagagACTGGAGAGGGTATGACTGT

Tm=58.15 dG=0.76

reverse coding

atgatcatcgccggcgacgtcTTAATCCTTGATATTCTTTTGTATG

dG=-0.34 Tm=57.5

reverse RBS

atgatcatcgccggcgacgtcAACTTAATCCTTGATATTCTTTTGTAT

dG=-0.34 Tm=57.96

luxG

forward

gaattcgcggccgcttctagagAAGGATTAAGTTATGATTGTTGA

Tm=56.52 dG=0.11

reverse coding

atgatcatcgccggcgacgtcTTATACGTATGCAAAAGCATC

dG=-1.21 Tm=57.48

reverse RBS

atgatcatcgccggcgacgtcAAAGCCGGATTAATAATCTG

dG=-3.57 Tm=57.82

alternative ===reverse RBS===

atgatcatcgccggcgacgtcTTTATATTCTCTTTATACGTATGCAA

dG=-0.34 Tm=57.36

luxICDABE operon

gtcgaccttcctggttcagagcctcatatccatattacgaccacttcaat gggcgatcaaaaagtacattacatgattttttgcccaacagaaaaagcct ctcatttagagcagcttattcgtcaagatttcatggaaatgtatgagatc aattttccacaaaaaacagagtaacaaagagaaaaacctataggtataaa gctttacttacgtacttaatttttaaagtatgggcaatcaattgctcctg ttaaaattgctttagaaatactttggcagcggtttgttgtattgagtttc atttgcgcattggttaaatggaaagtgacagtacgctcactgcagcctaa tatttttgaaatatcccaagagctttttccttcgcatgcccacgctaaac attctttttctcttttggttaaatcgttgtttgatttattatttgctata tttatttttcgataattatcaactagagaaggaacaattaatggtatgtt catacacgcatgtaaaaataaactatctatatagttgtctttttctgaat gtgcaaaactaagcattccgaagccattgttagccgtatgaatagggaaa ctaaacccagtgataagacctgatgttttcgcttctttaattacatttgg agattttttatttacagcattgttttcaaatatattccaattaattggtg aatgattggagttagaataatctactataggatcatattttattaaatta gcgtcatcataatattgcctccattttttagggtaattatctagaattga aatatcagatttaaccatagaatgaggataaatgatcgcgagtaaataat attcacaatgtaccattttagtcatatcagataagcattgattaatatca ttattgcttctacaagctttaattttattaattattctgtatgtgtcgtc ggcatttatgtttttcatacccatctctttatccttacctattgtttgtc gcaagttttgcgtgttatatatcattaaaacggtaatggattgacatttg attctaataaattggatttttgtcacactattgtatcgctgggaatacaa ttacttaacataagcacctgtaggatcgtacaggtttacgcaagaaaatg gtttgttatagtcgaataaacgcaagggaggttggtatgactataatgat aaaaaaatcggattttttggcaattccatcggaggagtataaaggtattc taagtcttcgttatcaagtgtttaagcaaagacttgagtgggacttagtt gtagaaaataaccttgaatcagatgagtatgataactcaaatgcagaata tatttatgcttgtgatgatactgaaaatgtaagtggatgctggcgtttat tacctacaacaggtgattatatgctgaaaagtgtttttcctgaattgctt ggtcaacagagtgctcccaaagatcctaatatagtcgaattaagtcgttt tgctgtaggtaaaaatagctcaaagataaataactctgctagtgaaatta caatgaaactatttgaagctatatataaacacgctgttagtcaaggtatt acagaatatgtaacagtaacatcaacagcaatagagcgatttttaaagcg tattaaagttccttgtcatcgtattggagacaaagaaattcatgtattag gtgatactaaatcggttgtattgtctatgcctattaatgaacagtttaaa aaagcagtcttaaattaatgttgttaaatcattaatttattttaaatact aagtatattatagggaaaataatgaataaatgtattccaatgataattaa tggaatgattcaagattttgataattatgcatataaagaagttaaactaa ataatgataatagagtaaaattatctgtcattactgaaagttcagtttca aaaacattaaatatcaaagatagaattaatctaaatttaaatcagattgt gaattttttatataccgttggtcaacgatggaaaagtgaagaatataatc ggcgacgaacctatatccgtgagttaaaaacatatcttggttattctgat gaaatggcaagattagaagcgaattggattgcaatgttattgtgctctaa aagtgctttgtatgacattgttaattatgatttgggctctatacacgtat tagatgaatggcttccacgtggtgattgctatgttaaagcacaaccgaaa ggtgtttctgttcacttgttagctggtaatgttccattatcaggagtgac atctattttgcgtgctattttaacaaaaaatgagtgcattattaaaactt cgtcttcagatccttttactgcaaacgctttagtttccagttttattgat gttaatgcagaccatccaataaccaaatcaatgtctgttatgtattggcc gcatgatgaagatatgactctatctcaaagaataatgaatcatgccgacg tggttattgcttggggtggagacgaggcgattaaatgggcggtaaaatat tcaccaccgcatgtcgatattctgaaatttggaccaaagaaaagcttaag tattattgaagctcctaaagatatagaagccgcagcaatgggggttgctc atgatatttgtttctatgaccagcaagcctgcttctctactcaagacgtt tattatataggagataatttacctttatttttaaatgaacttgaaaaaca gctagatcgatacgcgaaaattttaccaaaaggttcaaatagttttgatg aaaaagcggcgtttactcttactgaaaaagaaagtctatttgctggatat gaagtgagaaagggagataagcaagcttggttaatagtcgtatcacctac aaatagctttggaaatcaaccgctatcacgaagtgtgtatgttcatcaag tatctgatattaaagagataattccttttgttaataaaaatagaacacaa actgtttctatttatccttgggaagcgtcattaaaatatcgagataaatt agcaagaagtggagttgaaagaattgttgaatcaggcatgaataatattt tcagagttggaggggctcatgattcattatctcctctccagtacctagtt aggtttgtatcgcatgagagaccatttaattatacgacaaaagatgttgc ggttgaaatcgaacaaacacgttacttagaggaagataagtttttagttt ttgtcccatagttaaaggaaattatatgaaagatgaaagtgcttttttta cgattgatcacatcatcaagcttgataatggtcagtctatccgagtttgg gaaacactccctaaaaagaacgtaccagagaaaaaacatacaatacttat tgcttcgggttttgctagaagaatggatcattttgcaggtcttgctgagt atttatctactaacggttttcatgtcattcgctacgattctttgcatcat gttggattaagcagtggatgtataaatgaatttacgatgtcgattggaaa aaatagcctgcttacagtcgtagattggcttacagatcatggtgtcgaac gaatagggctgattgctgctagtttgtcagcgagaatcgcctatgaggta gtaaataaaattaaattatcatttttaattacggccgtaggtgtcgttaa tcttagagatacattagaaaaagcattggagtatgactatttgcaattac ctatttcagagttaccagaagatcttgactttgaaggtcataatttagga tcggaggtctttgttacagattgctttaaacataattgggacacgttaga ctcgacacttaatagtgttaaaggattagcgattccatttattgctttta ctgcaaacgatgatagttgggtaaagcaaagtgaagttatagagctcatt gatagcattgaatctagtaattgtaagctctattcgctaattggaagttc acatgatcttggggaaaatttggttgtattaagaaatttttatcaatcag tgacgaaggcagccttagcattagatgatggtttattggatttagagata gacattattgaacctcgatttgaggacgttacaagtattactgttaagga gcgtagattaaaaaatgaaattgaaaatgaattattagaattggcttaaa taaacagaatcaccaaaaaggaatagagtatgaagtttggaaatatttgt ttttcgtatcaaccaccaggtgaaactcataagcaagtaatggatcgctt tgttcggcttggtatcgcctcagaagaggtagggtttgatacatattgga ccttagaacatcattttacagagtttggtcttacgggaaatttatttgtt gctgcggctaacctgttaggaagaactaaaacattaaatgttggcactat gggggttgttattccgacagcacacccagttcgacagttagaagacgttt tattattagatcaaatgtcgaaaggtcgttttaattttggaaccgttcga gggctataccataaagattttcgagtatttggtgttgatatggaagagtc tcgagcaattactcaaaatttctaccagatgataatggaaagcttacaga caggaaccattagctctgatagtgattacattcaatttcctaaggttgat gtatatcccaaagtgtactcaaaaaatgtaccaacctgtatgactgctga gtccgcaagtacgacagaatggctagcaatacaagggctaccaatggttc ttagttggattattggtactaatgaaaaaaaagcacagatggaactctat aatgaaattgcgacagaatatggtcatgatatatctaaaatagatcattg tatgacttatatttgttctgttgatgatgatgcacaaaaggcgcaagatg tttgtcgggagtttctgaaaaattggtatgactcatatgtaaatgcgacc aatatctttaatgatagcaatcaaactcgtggttatgattatcataaagg tcaatggcgtgattttgttttacaaggacatacaaacaccaatcgacgtg ttgattatagcaatggtattaaccctgtaggcactcctgagcagtgtatt gaaatcattcaacgtgatattgatgcaacgggtattacaaacattacatg cggatttgaagctaatggaactgaagatgaaataattgcttccatgcgac gctttatgacacaagtcgctcctttcttaaaagaacctaaataaattact tatttgatactagagataataaggaacaagttatgaaatttggattattt tttctaaactttcagaaagatggaataacatctgaagaaacgttggataa tatggtaaagactgtcacgttaattgattcaactaaatatcattttaata ctgcctttgttaatgaacatcacttttcaaaaaatggtattgttggagca cctattaccgcagctggttttttattagggttaacaaataaattacatat tggttcattaaatcaagtaattaccacccatcaccctgtacgtgtagcag aagaagccagtttattagatcaaatgtcagagggacgcttcattcttggt tttagtgactgcgaaagtgatttcgaaatggaattttttagacgtcatat ctcatcaaggcaacaacaatttgaagcatgctatgaaataattaatgacg cattaactacaggttattgtcatccccaaaacgacttttatgattttcca aaggtttcaattaatccacactgttacagtgagaatggacctaagcaata tgtatccgctacatcaaaagaagtcgtcatgtgggcagcgaaaaaggcac tgcctttaacatttaagtgggaggataatttagaaaccaaagaacgctat gcaattctatataataaaacagcacaacaatatggtattgatatttcgga tgttgatcatcaattaactgtaattgcgaacttaaatgctgatagaagta cggctcaagaagaagtgagagaatacttaaaagactatatcactgaaact taccctcaaatggacagagatgaaaaaattaactgcattattgaagagaa tgcagttgggtctcatgatgactattatgaatcgacaaaattagcagtgg aaaaaacagggtctaaaaatattttattatcctttgaatcaatgtccgat attaaagatgtaaaagatattattgatatgttgaaccaaaaaatcgaaat gaatttaccataataaaattaaaggcaatttctatattagattgcctttt taaatttctgttgatattaggtattactggagagggtatgactgtccata ctgaatataaaagaaatcaaatcattgctagttcagaaattgatgatctt atctttatgacgaaaccacaagagtggtcatttgaagagcaaaaagaaat acgggataaattagttcgtgaggctttttattttcactacaatagaaatg aagaatatagaaattattgtatcaatcagcatgtgagtgataatttacac actattgatgaaatacccgtgtttccaacatctgtttttaaatataagaa attacatactgtcacagccgaggacattgaaaattggtatacaagtagtg gaactcgtggagtaaaaagtcatattgcacgtgatcgtcttagcattgaa cgcttgcttggttctgtcaacttcggaatgaaatacgttggagattggtt tgagcatcaaatggaattgataaatttaggaccagatagattcaatacaa ataatatttggtttaaatatgtcatgagtttggtcgagttactttatccg actgaatttacagttgataatgacaaaatagattttgaaaaaacagtaaa acatctatttagaattaagaatagtaaaaaagacatttgcttaattgggc caccattttttgtgtatcttttgtgccaatatatgaaagaaaacaatatt gaatttaaaggaggagatagagtacatattattactggtggaggatggaa atctaatcagaatgactctttagatcgtgctgattttaatcaattattaa tggatactttccaactcgacaagattaatcaaattagagatacctttaat caagttgagcttaatacttgtttttttgaagatgaatttcaaagaaaaca tgttccaccgtgggtatatgctcgggctcttgatcctgaaaccttgaaac ccgtagcagatggtgagatcgggttgttaagttatatggacgcctcatca actgcttaccctgcttttattgttactgatgatatcggtattgtaaaaga aattagagaaccagatccttacccaggggtaactgttgagattgttcggc gcttaaatacacgtgcgcaaaaaggatgcgcgctctctatggctaatgtc atacaaaagaatatcaaggattaagttatgattgttgatggtagagtttc aaaaatagtattagcgtcaataagaaataatatatataaggtatttatta ctgtaaattcaccaataaagttcatcgctggacaatttgtaatggtcacg attaatgggaaaaaatgccctttttcaattgcgaattgcccgacaaaaaa ttacgaaatagaattgcatattggtagttcgaatagagactgctcattgg atattatcgaatattttgtcgatgctcttgttgaggaagtcgcaattgag ttagatgctccccatggaaacgcttggttacggtctgaaagtaataaccc attgctattaattgcgggaggtacaggtttatcatatataaatagcattc taacaaattgcttaaataggaatatacctcaagatatttatctttactgg ggagtaaaagacagttctcttttgtatgaagatgaagagttactaaactt atcactaaacaacaaaaactttcattatattcctgttattgaagataaaa gtgaagaatggatagggagaaaaggcactgttcttgatgctgtcatggaa gattttactgatcttacttattttgatatttatgtttgtggacccttcat gatggctaaaacagcaaaagaaaaattaattgaagagaaaaaagcaaagt cagaacagatgtttgccgatgcttttgcatacgtataaagagaatataaa aagccagattattaatccggcttttttattatttcaatgtgtccaagggt aaccaagttacttcaactcccgcctgagagaacatatcttggctcacttg aattttttcaccccaacgagataagaagtcttcagtttgttcagggcaat atacttttgatattcctgtttggatgatttttgctgcgcagtttggacaa gggaagtgagtaacccaaatatcgcaaccttctaaatcacgcttggcaaa taaaatggcattttcttcagcatgaagtgtttttaaatatttaatttcac gttcatctgtatctgcactgtctgatacaccatgtgggtagccattaaat ccaacagaaacaatacggttatgcttggtgattactgcaccaacttgagt cgac

luxR

ATGAAAAACATAAATGCCGACGACACATACAGAATAATTAATAAAATTAA AGCTTGTAGAAGCAATAATGATATAATCAATGCTTATCTGATATGACTAA AATGGTACATTGTGAATATTATTTATTCGCGATCATTTATCCTCATTCTA TGGTTAAATCTGATATTTCAATCTAGATAATTACCCTAAAAAATGGAGGC AATATTATGATGACGCTAATTTAATAAAATATGATCCTATAGTAGATTAT TCTAACTCCAATCATTCACCAATTAATTGGAATATATTTGAAAACAATGC TGTAAATAAAAAATCTCCAAATGTAATTAAGAAGCGAAAACATCAGGTCT TATCACTGGGTTTAGTTTCCCTATTCATACGGCTAACAATGCCTTCGGAA TGCTTAGTTTTGCACATTCAGAAAAAGACAACTATATAGATAGTTTATTT TTACATGCGTGTATGAACATACCATTAATTGTTCCTTCTCTAGTGTATAA TTATCGAAAAATAAATATAGCAAATAATAAATCAAACAACGATTTAACCA AAAGAGAAAAAGAATGTTTAGCGTGGGCATGCGAAGGAAAAGGCTCTTGG GATATTTCAAAAATATTAGGCTGCAGTGAGCGTACTGTCACTTTCCATTT AACCAATGCGCAAATGAAACTCAATACACCAAACCGCTGCCAAAGTATTT CTAAAGCAATTTTAACAGGAGCAATTGATTGCCCATACTTTAAAAATTAA

Thioesterase

ygcB gene from E. Coli K12 to over-express thioesterase: GTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTACCACGCCAGTTACGTCGCTTTTTATGAAA GAGCACGCACAGAGATGCTGCGTCATCATCACTTCAGTCAGCAGGCGCTGATGGCTGAACGCGTTGCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTA CGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCTCGAAATACAGACTGAAATAACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAG AATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGC AGTGA

Forward primer: gaattcgcggccgcttctagagGTGAATACAACGCTGTTTCG prefix + 20bp