Template:KIT-Kyoto/Parts1

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(→2.We get this part directly from iGEM HQ)
(→2.このパーツはiGEM本部から直接入手しました)
 
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== We use these parts for making original biobrick parts ==
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== 私たちはこれらのパーツを利用して、新たなbiobrickのパーツ作りに取り組みました ==
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=== 1.We get these parts from 2010 iGEM kit ===
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=== 1.私たちはこれらのパーツを2010 iGEM kitから入手しました ===
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!Name||Part type||Resistance||Insert||Vector||Contents
!Name||Part type||Resistance||Insert||Vector||Contents
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|<partinfo>pSB3k3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)||Plasmid backbone||Kanamycin||738bp||2750bp||promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
|<partinfo>pSB3k3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)||Plasmid backbone||Kanamycin||738bp||2750bp||promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
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|<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)||Plasmid backbone||Ampicillin||738bp||4032bp||promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
|<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)||Plasmid backbone||Ampicillin||738bp||4032bp||promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
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|<partinfo>pSB4A5</partinfo>(<partinfo>BBa_K193602</partinfo>)||Composite||Ampicillin||1896bp||3395bp||promoter(Lac)+RBS+melA+T+T|
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|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13507</partinfo>)||Protein domain||Ampicillin||937bp||2079bp||RBS+RFP+T+T
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|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0420</partinfo>)||Protein domain||Ampicillin||878bp||2079bp||RBS+CFP+T+T
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|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0430</partinfo>)||Protein domain||Ampicillin||878bp||2079bp||RBS+YFP+T+T
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|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13600</partinfo>)||Composite||Ampicillin||940bp||2079bp||promoter(TetR)+RBS+CFP+T+T
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|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_J22005</partinfo>)||Composite||Ampicillin||2079bp||2623bp||promoter(TetR)+RBS+YFP+T+T
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_J22005</partinfo>)||Composite||Ampicillin||2079bp||2623bp||promoter(TetR)+RBS+YFP+T+T
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=== 2.We get this part directly from iGEM HQ ===
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=== 2.このパーツはiGEM本部から直接入手しました ===
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We characterize this BioBrick Part and enter the new information back on the Registry. The above described parts don’t include detailed information on pSB6 and the reasons leading to its usage in our work to produce GFP. In general, pSB6 is a low copy plasmid which makes it more suitable for protein production than the high copy vector. However this information cannot be found in any sites related to iGEM. Consequently, we tried to compare the performances of the low copy vector pSB1 and pSB6. We have confirmed in this way that pSB6 is more efficient at producing GFP protein than PSB1. We have thus proved that this part is very useful to evaluate the capabilities of a promoter, in this case by observing the degree of fluorescence of GFP protein. We are very thankful to the 08’Tokyo-Tech group who has supplied us with this part.
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私たちは2009年の東京工業大学のグループによって設計されたBioBrick Part(pSB6A1)に新情報を加えました。 このBioBrick Partは、<I>E.coli</I>でGFPを発現するように設計された低コピープラスミドであるpSB6を骨格としています。一般に、低コピープラスミドは、pSB1のような高コピープラスミドと比較してタンパク質発現の効率が高い。しかしながら、このプラスミドに関してGFPタンパク質発現の効率に関する定量的なデータはiGEMのどんなサイトでも説明されていませんでした。よって、pSB6A1とpSB1A2のプラスミドをもつ<I>E.coli</I>で生産されるGFPタンパク質の蛍光強度を測定しました。結果、pSB1A2をもつ<I>E.coli</I>と比較してpSB6A1もつ<I>E.coli</I>ではGFPの発現レベルが高いことが明らかにわかりました。このようにして、我々はH<sub>2</sub>O<sub>2</sub>に応答する様々なプロモーターの活性を測定するのにpSB6のベクターを使用することに決めました。 私たちは、2009年にこれを開発した東京工業大学のグループに感謝します。
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!Name||Part Type||Resistance||Insert||Vector||Contents|
!Name||Part Type||Resistance||Insert||Vector||Contents|
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|<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_K121013</partinfo>)||Protein domain||Ampicillin||883bp||4022bp||RBS+GFP+T+T
|<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_K121013</partinfo>)||Protein domain||Ampicillin||883bp||4022bp||RBS+GFP+T+T
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Latest revision as of 14:03, 26 October 2010

私たちはこれらのパーツを利用して、新たなbiobrickのパーツ作りに取り組みました

1.私たちはこれらのパーツを2010 iGEM kitから入手しました

NamePart typeResistanceInsertVectorContents
<partinfo>pSB3k3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)Plasmid backboneKanamycin738bp2750bppromoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)Plasmid backboneAmpicillin738bp4032bppromoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB1C3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)Plasmid backboneChloramphenicol1069bp2072bppromoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I3522</partinfo>)CompositeAmpicillin937bp2079bppromoter(TetR)+RBS+GFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_R0040</partinfo>)RegulatoryAmpicillin54bp2079bppromoter(TetR)
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I732019</partinfo>)RegulatoryAmpicillin3230bp2079bpRBS+LacZ+T+T
<partinfo>pSB1AK3</partinfo>(<partinfo>BBa_I732950</partinfo>)Protein domainKanamycin3230bp2079bpRBS+LacZ+T+T
<partinfo>pSB4A5</partinfo>(<partinfo>BBa_K193602</partinfo>)CompositeAmpicillin1896bp3395bp
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0240</partinfo>)Protein domainAmpicillin883bp2079bpRBS+GFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13507</partinfo>)Protein domainAmpicillin937bp2079bpRBS+RFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0420</partinfo>)Protein domainAmpicillin878bp2079bpRBS+CFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0430</partinfo>)Protein domainAmpicillin878bp2079bpRBS+YFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13600</partinfo>)CompositeAmpicillin940bp2079bppromoter(TetR)+RBS+CFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_J22005</partinfo>)CompositeAmpicillin2079bp2623bppromoter(TetR)+RBS+YFP+T+T

2.このパーツはiGEM本部から直接入手しました

私たちは2009年の東京工業大学のグループによって設計されたBioBrick Part(pSB6A1)に新情報を加えました。 このBioBrick Partは、E.coliでGFPを発現するように設計された低コピープラスミドであるpSB6を骨格としています。一般に、低コピープラスミドは、pSB1のような高コピープラスミドと比較してタンパク質発現の効率が高い。しかしながら、このプラスミドに関してGFPタンパク質発現の効率に関する定量的なデータはiGEMのどんなサイトでも説明されていませんでした。よって、pSB6A1とpSB1A2のプラスミドをもつE.coliで生産されるGFPタンパク質の蛍光強度を測定しました。結果、pSB1A2をもつE.coliと比較してpSB6A1もつE.coliではGFPの発現レベルが高いことが明らかにわかりました。このようにして、我々はH2O2に応答する様々なプロモーターの活性を測定するのにpSB6のベクターを使用することに決めました。 私たちは、2009年にこれを開発した東京工業大学のグループに感謝します。

NamePart TypeResistanceInsertVector
<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_K121013</partinfo>)Protein domainAmpicillin883bp4022bpRBS+GFP+T+T
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