Template:KIT-Kyoto/Parts1

From 2010.igem.org

(Difference between revisions)
(2.このパーツはiGEM本部から直接入手しました)
 
(32 intermediate revisions not shown)
Line 1: Line 1:
-
== Vector ==
+
== 私たちはこれらのパーツを利用して、新たなbiobrickのパーツ作りに取り組みました ==
 +
=== 1.私たちはこれらのパーツを2010 iGEM kitから入手しました ===
-
{| style="margin: 1em auto 1em auto" width="650px"
+
{| style="margin: 1em auto 1em auto" width="750px"
-
  |- style="background-color:#d3cfd9;"  
+
  |- style="background-color:#c1e4e9;"  
-
!Name||Resistance||Insert Length||Vector Length||Comment
+
!Name||Part type||Resistance||Insert||Vector||Contents
-
|- style="background-color:#fcd575;"  
+
|- style="background-color:#eaf4fc;"  
-
|<partinfo>pSB3k3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)||Kanamycin||738||2750||promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
+
|<partinfo>pSB3k3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)||Plasmid backbone||Kanamycin||738bp||2750bp||promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
-
|-  style="background-color:#fcd575;"
+
|-  style="background-color:#eaf4fc;"
-
|<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)||Ampicillin||738||4032||promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
+
|<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)||Plasmid backbone||Ampicillin||738bp||4032bp||promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
|- style="background-color:#eaf4fc;"
-
|<partinfo>pSB1C3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)||Chloramphenicol||1069||2072||promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
+
|<partinfo>pSB1C3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)||Plasmid backbone||Chloramphenicol||1069bp||2072bp||promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I3522</partinfo>)||Composite||Ampicillin||937bp||2079bp||promoter(TetR)+RBS+GFP+T+T
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_R0040</partinfo>)||Regulatory||Ampicillin||54bp||2079bp||promoter(TetR)
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I732019</partinfo>)||Regulatory||Ampicillin||3230bp||2079bp||RBS+LacZ+T+T
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB1AK3</partinfo>(<partinfo>BBa_I732950</partinfo>)||Protein domain||Kanamycin||3230bp||2079bp||RBS+LacZ+T+T
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB4A5</partinfo>(<partinfo>BBa_K193602</partinfo>)||Composite||Ampicillin||1896bp||3395bp||promoter(Lac)+RBS+melA+T+T|
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0240</partinfo>)||Protein domain||Ampicillin||883bp||2079bp||RBS+GFP+T+T
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13507</partinfo>)||Protein domain||Ampicillin||937bp||2079bp||RBS+RFP+T+T
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0420</partinfo>)||Protein domain||Ampicillin||878bp||2079bp||RBS+CFP+T+T
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0430</partinfo>)||Protein domain||Ampicillin||878bp||2079bp||RBS+YFP+T+T
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13600</partinfo>)||Composite||Ampicillin||940bp||2079bp||promoter(TetR)+RBS+CFP+T+T
 +
|- style="background-color:#eaf4fc;"
 +
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_J22005</partinfo>)||Composite||Ampicillin||2079bp||2623bp||promoter(TetR)+RBS+YFP+T+T
|-
|-
|}
|}
-
== Insert ==
+
=== 2.このパーツはiGEM本部から直接入手しました ===
-
 
+
私たちは2009年の東京工業大学のグループによって設計されたBioBrick Part(pSB6A1)に新情報を加えました。 このBioBrick Partは、<I>E.coli</I>でGFPを発現するように設計された低コピープラスミドであるpSB6を骨格としています。一般に、低コピープラスミドは、pSB1のような高コピープラスミドと比較してタンパク質発現の効率が高い。しかしながら、このプラスミドに関してGFPタンパク質発現の効率に関する定量的なデータはiGEMのどんなサイトでも説明されていませんでした。よって、pSB6A1とpSB1A2のプラスミドをもつ<I>E.coli</I>で生産されるGFPタンパク質の蛍光強度を測定しました。結果、pSB1A2をもつ<I>E.coli</I>と比較してpSB6A1もつ<I>E.coli</I>ではGFPの発現レベルが高いことが明らかにわかりました。このようにして、我々はH<sub>2</sub>O<sub>2</sub>に応答する様々なプロモーターの活性を測定するのにpSB6のベクターを使用することに決めました。 私たちは、2009年にこれを開発した東京工業大学のグループに感謝します。
-
{| style="margin: 1em auto 1em auto" width="650px"
+
{| style="margin: 1em auto 1em auto" width="750px"
-
|- style="background-color:#d3cfd9;" 
+
|- style="background-color:#c1e4e9;"  
-
!Name||Resistance||Insert Length||Vector Length||Comment
+
!Name||Part Type||Resistance||Insert||Vector||Contents|
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
|- style="background-color:#eaf4fc;"  
-
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I3522</partinfo>)||Ampicillin||937||2079||promoter(TetR)+RBS+GFP+T+T
+
|<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_K121013</partinfo>)||Protein domain||Ampicillin||883bp||4022bp||RBS+GFP+T+T
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
-
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_R0040</partinfo>)||Ampicillin||54||2079||promoter(TetR)
+
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
-
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I732019</partinfo>)||Ampicillin||3230||2079||RBS+LacZ+T+T
+
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
-
|<partinfo>pSB1AK3</partinfo>(<partinfo>BBa_I732950</partinfo>)||Kanamycin||3230||2079||RBS+LacZ+T+T
+
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
-
|<partinfo>pSB4A5</partinfo>(<partinfo>BBa_K193602</partinfo>)||Ampicillin||1896||3395||promoter(Lac)+RBS+melA+T+T
+
-
|- style="background-color:#fcd575;"  
+
-
|<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_K121013</partinfo>)||Ampicillin||883||4022||RBS+GFP+T+T
+
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
-
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0240</partinfo>)||Ampicillin||883||2079||RBS+GFP+T+T
+
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
-
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13507</partinfo>)||Ampicillin||937||2079||RBS+RFP+T+T
+
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
-
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0420</partinfo>)||Ampicillin||878||2079||RBS+CFP+T+T
+
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
-
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0430</partinfo>)||Ampicillin||878||2079||RBS+YFP+T+
+
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
-
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13600</partinfo>)||Ampicillin||940||2079||promoter(TetR)+RBS+CFP+T+T
+
-
|- style="background-color:#fcd575;"
+
-
|<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_J22005</partinfo>)||Ampicillin||2079||2623||promoter(TetR)+RBS+YFP+T+T
+
-
|-
+
|}
|}

Latest revision as of 14:03, 26 October 2010

私たちはこれらのパーツを利用して、新たなbiobrickのパーツ作りに取り組みました

1.私たちはこれらのパーツを2010 iGEM kitから入手しました

NamePart typeResistanceInsertVectorContents
<partinfo>pSB3k3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)Plasmid backboneKanamycin738bp2750bppromoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)Plasmid backboneAmpicillin738bp4032bppromoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB1C3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)Plasmid backboneChloramphenicol1069bp2072bppromoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I3522</partinfo>)CompositeAmpicillin937bp2079bppromoter(TetR)+RBS+GFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_R0040</partinfo>)RegulatoryAmpicillin54bp2079bppromoter(TetR)
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I732019</partinfo>)RegulatoryAmpicillin3230bp2079bpRBS+LacZ+T+T
<partinfo>pSB1AK3</partinfo>(<partinfo>BBa_I732950</partinfo>)Protein domainKanamycin3230bp2079bpRBS+LacZ+T+T
<partinfo>pSB4A5</partinfo>(<partinfo>BBa_K193602</partinfo>)CompositeAmpicillin1896bp3395bp
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0240</partinfo>)Protein domainAmpicillin883bp2079bpRBS+GFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13507</partinfo>)Protein domainAmpicillin937bp2079bpRBS+RFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0420</partinfo>)Protein domainAmpicillin878bp2079bpRBS+CFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0430</partinfo>)Protein domainAmpicillin878bp2079bpRBS+YFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13600</partinfo>)CompositeAmpicillin940bp2079bppromoter(TetR)+RBS+CFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_J22005</partinfo>)CompositeAmpicillin2079bp2623bppromoter(TetR)+RBS+YFP+T+T

2.このパーツはiGEM本部から直接入手しました

私たちは2009年の東京工業大学のグループによって設計されたBioBrick Part(pSB6A1)に新情報を加えました。 このBioBrick Partは、E.coliでGFPを発現するように設計された低コピープラスミドであるpSB6を骨格としています。一般に、低コピープラスミドは、pSB1のような高コピープラスミドと比較してタンパク質発現の効率が高い。しかしながら、このプラスミドに関してGFPタンパク質発現の効率に関する定量的なデータはiGEMのどんなサイトでも説明されていませんでした。よって、pSB6A1とpSB1A2のプラスミドをもつE.coliで生産されるGFPタンパク質の蛍光強度を測定しました。結果、pSB1A2をもつE.coliと比較してpSB6A1もつE.coliではGFPの発現レベルが高いことが明らかにわかりました。このようにして、我々はH2O2に応答する様々なプロモーターの活性を測定するのにpSB6のベクターを使用することに決めました。 私たちは、2009年にこれを開発した東京工業大学のグループに感謝します。

NamePart TypeResistanceInsertVector
<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_K121013</partinfo>)Protein domainAmpicillin883bp4022bpRBS+GFP+T+T