Template:KIT-Kyoto/Parts1

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Latest revision as of 14:03, 26 October 2010

私たちはこれらのパーツを利用して、新たなbiobrickのパーツ作りに取り組みました

1.私たちはこれらのパーツを2010 iGEM kitから入手しました

Name	Part type	Resistance	Insert	Vector	Contents
<partinfo>pSB3k3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)	Plasmid backbone	Kanamycin	738bp	2750bp	promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)	Plasmid backbone	Ampicillin	738bp	4032bp	promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB1C3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)	Plasmid backbone	Chloramphenicol	1069bp	2072bp	promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I3522</partinfo>)	Composite	Ampicillin	937bp	2079bp	promoter(TetR)+RBS+GFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_R0040</partinfo>)	Regulatory	Ampicillin	54bp	2079bp	promoter(TetR)
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I732019</partinfo>)	Regulatory	Ampicillin	3230bp	2079bp	RBS+LacZ+T+T
<partinfo>pSB1AK3</partinfo>(<partinfo>BBa_I732950</partinfo>)	Protein domain	Kanamycin	3230bp	2079bp	RBS+LacZ+T+T
<partinfo>pSB4A5</partinfo>(<partinfo>BBa_K193602</partinfo>)	Composite	Ampicillin	1896bp	3395bp
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0240</partinfo>)	Protein domain	Ampicillin	883bp	2079bp	RBS+GFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13507</partinfo>)	Protein domain	Ampicillin	937bp	2079bp	RBS+RFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0420</partinfo>)	Protein domain	Ampicillin	878bp	2079bp	RBS+CFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0430</partinfo>)	Protein domain	Ampicillin	878bp	2079bp	RBS+YFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13600</partinfo>)	Composite	Ampicillin	940bp	2079bp	promoter(TetR)+RBS+CFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_J22005</partinfo>)	Composite	Ampicillin	2079bp	2623bp	promoter(TetR)+RBS+YFP+T+T

2.このパーツはiGEM本部から直接入手しました

私たちは2009年の東京工業大学のグループによって設計されたBioBrick Part(pSB6A1)に新情報を加えました。このBioBrick Partは、E.coliでGFPを発現するように設計された低コピープラスミドであるpSB6を骨格としています。一般に、低コピープラスミドは、pSB1のような高コピープラスミドと比較してタンパク質発現の効率が高い。しかしながら、このプラスミドに関してGFPタンパク質発現の効率に関する定量的なデータはiGEMのどんなサイトでも説明されていませんでした。よって、pSB6A1とpSB1A2のプラスミドをもつE.coliで生産されるGFPタンパク質の蛍光強度を測定しました。結果、pSB1A2をもつE.coliと比較してpSB6A1もつE.coliではGFPの発現レベルが高いことが明らかにわかりました。このようにして、我々はH₂O₂に応答する様々なプロモーターの活性を測定するのにpSB6のベクターを使用することに決めました。私たちは、2009年にこれを開発した東京工業大学のグループに感謝します。

Name	Part Type	Resistance	Insert	Vector
<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_K121013</partinfo>)	Protein domain	Ampicillin	883bp	4022bp	RBS+GFP+T+T

@@ Line 1: / Line 1: @@
-== We use these parts for making original biobrick parts ==
+== 私たちはこれらのパーツを利用して、新たなbiobrickのパーツ作りに取り組みました ==
 === 1.私たちはこれらのパーツを2010 iGEM kitから入手しました ===
@@ Line 38: / Line 38: @@
 === 2.このパーツはiGEM本部から直接入手しました ===
-私たちは、以下のパーツについて新しい情報を付加しました。このパーツは低コピーベクターであるpSB6を利用してGFPを発現するように設計されていますが、発現効率が記載されていませんでした。一般的に、低コピーベクターは高コピーベクターに比べタンパク質の発現効率が良いと言われています。しかし 、この情報はiGEMのHPのどのページを見渡しても見つけることができませんでした。したがって、私たちは、低コピーベクターpSB6と高コピーベクターであるpSB1を比較しタンパク質の発現効率を調査しました。その結果、このパーツは、高コピーベクターであるpSB1に比べ非常に効率よくタンパク質を発現することが分かり、このパーツをプロモーターの機能を調査しタンパク質発現のために用いることにしました。このパーツを作製した08年東工大学チームに心から感謝いたします。
+私たちは2009年の東京工業大学のグループによって設計されたBioBrick Part(pSB6A1)に新情報を加えました。 このBioBrick Partは、<I>E.coli</I>でGFPを発現するように設計された低コピープラスミドであるpSB6を骨格としています。一般に、低コピープラスミドは、pSB1のような高コピープラスミドと比較してタンパク質発現の効率が高い。しかしながら、このプラスミドに関してGFPタンパク質発現の効率に関する定量的なデータはiGEMのどんなサイトでも説明されていませんでした。よって、pSB6A1とpSB1A2のプラスミドをもつ<I>E.coli</I>で生産されるGFPタンパク質の蛍光強度を測定しました。結果、pSB1A2をもつ<I>E.coli</I>と比較してpSB6A1もつ<I>E.coli</I>ではGFPの発現レベルが高いことが明らかにわかりました。このようにして、我々はH<sub>2</sub>O<sub>2</sub>に応答する様々なプロモーターの活性を測定するのにpSB6のベクターを使用することに決めました。 私たちは、2009年にこれを開発した東京工業大学のグループに感謝します。
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