Template:KIT-Kyoto/Parts1

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Latest revision as of 14:03, 26 October 2010

私たちはこれらのパーツを利用して、新たなbiobrickのパーツ作りに取り組みました

1.私たちはこれらのパーツを2010 iGEM kitから入手しました

Name	Part type	Resistance	Insert	Vector	Contents
<partinfo>pSB3k3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)	Plasmid backbone	Kanamycin	738bp	2750bp	promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)	Plasmid backbone	Ampicillin	738bp	4032bp	promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB1C3</partinfo>(<partinfo>BBa_J04450</partinfo>)	Plasmid backbone	Chloramphenicol	1069bp	2072bp	promoter(LacI) +RBS+mRFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I3522</partinfo>)	Composite	Ampicillin	937bp	2079bp	promoter(TetR)+RBS+GFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_R0040</partinfo>)	Regulatory	Ampicillin	54bp	2079bp	promoter(TetR)
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I732019</partinfo>)	Regulatory	Ampicillin	3230bp	2079bp	RBS+LacZ+T+T
<partinfo>pSB1AK3</partinfo>(<partinfo>BBa_I732950</partinfo>)	Protein domain	Kanamycin	3230bp	2079bp	RBS+LacZ+T+T
<partinfo>pSB4A5</partinfo>(<partinfo>BBa_K193602</partinfo>)	Composite	Ampicillin	1896bp	3395bp
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0240</partinfo>)	Protein domain	Ampicillin	883bp	2079bp	RBS+GFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13507</partinfo>)	Protein domain	Ampicillin	937bp	2079bp	RBS+RFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0420</partinfo>)	Protein domain	Ampicillin	878bp	2079bp	RBS+CFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_E0430</partinfo>)	Protein domain	Ampicillin	878bp	2079bp	RBS+YFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_I13600</partinfo>)	Composite	Ampicillin	940bp	2079bp	promoter(TetR)+RBS+CFP+T+T
<partinfo>pSB1A2</partinfo>(<partinfo>BBa_J22005</partinfo>)	Composite	Ampicillin	2079bp	2623bp	promoter(TetR)+RBS+YFP+T+T

2.このパーツはiGEM本部から直接入手しました

私たちは2009年の東京工業大学のグループによって設計されたBioBrick Part(pSB6A1)に新情報を加えました。このBioBrick Partは、E.coliでGFPを発現するように設計された低コピープラスミドであるpSB6を骨格としています。一般に、低コピープラスミドは、pSB1のような高コピープラスミドと比較してタンパク質発現の効率が高い。しかしながら、このプラスミドに関してGFPタンパク質発現の効率に関する定量的なデータはiGEMのどんなサイトでも説明されていませんでした。よって、pSB6A1とpSB1A2のプラスミドをもつE.coliで生産されるGFPタンパク質の蛍光強度を測定しました。結果、pSB1A2をもつE.coliと比較してpSB6A1もつE.coliではGFPの発現レベルが高いことが明らかにわかりました。このようにして、我々はH₂O₂に応答する様々なプロモーターの活性を測定するのにpSB6のベクターを使用することに決めました。私たちは、2009年にこれを開発した東京工業大学のグループに感謝します。

Name	Part Type	Resistance	Insert	Vector
<partinfo>pSB6A1</partinfo>(<partinfo>BBa_K121013</partinfo>)	Protein domain	Ampicillin	883bp	4022bp	RBS+GFP+T+T

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-== オリジナルのbiobrickパーツ作成の為に用いたパーツ ==
+== 私たちはこれらのパーツを利用して、新たなbiobrickのパーツ作りに取り組みました ==
-=== 1.2010 iGEM kitからのパーツ ===
+=== 1.私たちはこれらのパーツを2010 iGEM kitから入手しました ===
 {| style="margin: 1em auto 1em auto" width="750px"
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 |}
-=== 2. iGEM HQから直接送ってもらったパーツ ===
+=== 2.このパーツはiGEM本部から直接入手しました ===
-We characterize this BioBrick Part and enter the new information back on the Registry. This parts don’t include detailed information on pSB6 and the reasons leading to its usage in our work to produce GFP. In general, pSB6 is a low copy plasmid which makes it more suitable for protein production than the high copy vector. However this information cannot be found in any sites related to iGEM. Consequently, we tried to compare the performances of the low copy vector pSB1 and pSB6. We have confirmed in this way that pSB6 is more efficient at producing GFP protein than PSB1. We have thus proved that this part is very useful to evaluate the capabilities of a promoter, in this case by observing the degree of fluorescence of GFP protein. We are very thankful to the 08’Tokyo-Tech group who has supplied us with this part.
+私たちは2009年の東京工業大学のグループによって設計されたBioBrick Part(pSB6A1)に新情報を加えました。 このBioBrick Partは、<I>E.coli</I>でGFPを発現するように設計された低コピープラスミドであるpSB6を骨格としています。一般に、低コピープラスミドは、pSB1のような高コピープラスミドと比較してタンパク質発現の効率が高い。しかしながら、このプラスミドに関してGFPタンパク質発現の効率に関する定量的なデータはiGEMのどんなサイトでも説明されていませんでした。よって、pSB6A1とpSB1A2のプラスミドをもつ<I>E.coli</I>で生産されるGFPタンパク質の蛍光強度を測定しました。結果、pSB1A2をもつ<I>E.coli</I>と比較してpSB6A1もつ<I>E.coli</I>ではGFPの発現レベルが高いことが明らかにわかりました。このようにして、我々はH<sub>2</sub>O<sub>2</sub>に応答する様々なプロモーターの活性を測定するのにpSB6のベクターを使用することに決めました。 私たちは、2009年にこれを開発した東京工業大学のグループに感謝します。
 {| style="margin: 1em auto 1em auto" width="750px"
   |- style="background-color:#c1e4e9;"