Template:KIT-Kyoto-Augsut30

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August 30

>>top

Time

9:00～

Member

岩城,福山,古道,吉村,足立

Iwaki,Fukuyama,Furumichi,Yoshimura,Adachi

Purpose

DNA miniprep of pSB6A1(K121013),pSB6A1(K362008) and pSB6A1(K362012).And confirm by agarose gel electrophoresis.[Fukuyama,Adachi,Yoshimura]
Isolation of pSB6A1(K121013) fragments from agarose gel and ligation.[Yoshimura]
PCR of ahpC,OxyR,SodA and SufA.[Furumichi]
Concentrate by Phenol/chloroform and agarose gel electrophoresis of pSB6A1(K121013).[Furumichi]
Add H₂O₂ to pSB6A1(K362012) and observe by microscope.[Furumichi]

(1)　pSB6A1(K121013)

pSB6A1(K362008)

pSB6A1(K362012)

のアルカリミニプレップ,電気泳動によるバンド大きさの確認　[福山、足立、吉村]

(2)　pSB6A1(K121013)のゲル抽出・ライゲーション　[吉村]

(3)　ahpC,OxyR,SodA,SufAのPCR　[古道]

(4)　前日やり残したpSB6A1(K121013)のフェノールクロロホルム処理の続きと電気泳動　[古道]

(5)　培養したpSB6A1(K362012)に過酸化水素を加え顕鏡　[古道]

Method

(1)　アルカリミニプレップ,電気泳動によるバンド大きさの確認

　前日から培養したE.coliを1.5mlエッペンに８割ほど移した

　↓20℃、14500rpmで1分間遠心して集菌した

　↓上清を捨てた

　↓SolutionⅠを250μｌ加えてピペッティングし、ボルテックスした

　↓SolutionⅡを250μl加えた

　↓SolutionⅢを350μl加えた

　↓20℃、14500rpmで5分間遠心した

　↓上清をカラムに入れた

　↓20℃、14500rpmで30秒間遠心した

　↓抽出液を捨てた

　↓SolutionⅣを500μlカラムに加えた

　↓20℃、14500rpmで1分間遠心した

　↓抽出液を捨てた

　↓SolutionⅤを700μlカラムに加えた

　↓20℃、14500rpmで30秒間遠心した

　↓抽出液を捨てた

　↓20℃、14500rpmで30秒間遠心した

　↓抽出液を捨てた

　↓滅菌水をカラムに入れた

　↓20℃、14500rpmで30秒間遠心した

　↓溶出液を回収

　↓右の表のように２種類の溶液を作成し、それぞれ10μlずつとって2μlの

　　loading dyeを加え、135Vで15分間電気泳動をした

	溶液1	溶液2
DNA溶液	10μl	10μl
M buffer	2μl	2μl
EcoRⅠ	0.5μl
SpeⅠ	0.5μl	1μl
MilliQ	7μl	7μl
全量	20μl	20μl

(2)　pSB6A1(K121013)のゲル抽出・ライゲーション

　(1)で制限酵素処理をしたものを2.5時間37℃でインキュベートした

　↓CIAPを3μl加え、25分間37℃でインキュベートした

　↓Orange Loading Dyeを加え、青ゲルにapplyした

　↓電気泳動した

　↓バンドのある部分のゲルを切り出し、エッペンに入れた

　↓エッペンに400μlの滅菌水を加え、60~80℃で6分間加熱した

　↓フェノールをエッペンの8割くらいまで加え、ボルテックスした

　↓4℃,14500rpmで5分間遠心した

　↓上清を回収し、回収した上清にフェノクロをエッペンの8割くらいまで加えた

　↓4℃,14500rpmで5分間遠心した

　↓上清を回収し、酢酸ナトリウムを50μl、2-プロパノールを800μl加えた

　↓4℃,14500rpmで10分間遠心した

　↓70%エタノールをエッペンの8割くらいまで加えた

　↓上清を捨て、遠心乾燥機にかけて乾燥させた

　↓滅菌水を10μl加え、Quick Ligase Reaction Bufferを10μl加えた

　↓リガーゼを1μl加え、5分間室温で放置した

　↓全量をコンピテントセルに加えた

　↓20分間氷冷

　↓45秒間43℃でヒートブロック

　↓5分間氷冷した

　↓SOC培地を900μl加えた

　↓37℃で20分間インキュベートした

　↓4℃,13000rpmで1分間遠心した

　↓培養液を少し捨て、量を減らしてピペッティングした

　↓LBプレートにまいた

　↓37℃でインキュベートした(overnight)

(3)　ahpC,OxyR,SodA,SufAのPCR

　プライマー(Forward)、プライマー(Reverse)を

　すでにMixしたプライマー(ahpC,OxyR,SufA,SodA)を各1.5μLずつ、500μLのエッペンに入れた

　↓それぞれのエッペンに下に示した組成で溶液を加えた

　↓下に示したプログラムでPCR反応を行った

　↓PCR産物を電気泳動にかけ今後使えるかどうかチェックした

テンプレートDNA(DH5α)	各0.5μL
10×PCR Buffer for KOD-Plus-	5μL
2mM d NTPs	5μL
2mM MgSO₄	4μL
MilliQ	33μL
KOD-Plus-	1μL

(ahpC, OxyR，SufA，SodA)
熱変性	熱変性	アニーリング	伸長反応	伸長反応	保存
94℃	94℃	59.5℃	68℃	68℃	4℃
2min	15sec	30sec	1min	2min	保持
	30サイクル

(4)　pSB6A1(K121013)のフェノールクロロホルム処理の続きと電気泳動

　↓遠心、4℃、14,000rpm、20min

　↓なぜか2層になってしまったので上清を回収し3MCH₃COONaを50µl加え混ぜた

　↓イソプロパノールを0.4ml加え混ぜ、4℃、14000rpm、10minで遠心した

　↓また2層になったので再び上清を回収して、4℃、14000rpm、10minで遠心した

　↓上清を捨て、沈殿に70％エタノール200µl加え、4℃、14000rpm、10minで遠心した

　↓乾燥させ、10µgRNase入りTEを30µl加えて冷蔵(4℃)保存した

　↓電気泳動をかけて今後使用できるものか確認した

(5)　培養したpSB6A1(K362012)に過酸化水素を加え顕鏡

　アンピシリン入りLB液体培地 2mlにpSB6A1(K362012)を白金耳でプレカルチャーし、

　　37℃で6時間振とう培養した

　↓培養したpSB6A1(K362012)500µlに400mM H₂O₂を5µlを加え、菌にストレスを与えた

　↓5min、室温、放置した

　↓10000rpmで1分間遠心した

　↓上清を捨て滅菌水で洗浄し再び10,000rpmで1分間遠心した

　↓上清を捨て、沈殿を用いて顕微鏡観察した

Results

(1)　pSB6A1(K121013)

　　　EcoRⅠ、SpeⅠで切断→バンドが3本見られた

　　　SpeⅠのみで切断→2本ずつバンドが見られた

pSB6A1(K362008)

　　　EcoRⅠ、SpeⅠで切断→4kbと1kbあたりにバンドが1本ずつ見られた

　　　SpeⅠのみで切断→4kb~5kbあたりのところに1本バンドが見られた

pSB6A1(K362012)

　　　EcoRⅠ、SpeⅠで切断→4kbと1kbあたりにバンドが1本ずつ見られた

　　　SpeⅠのみで切断→4kb~5kbあたりのところに1本バンドが見られた

(2)　翌日、コロニーが確認できた

(3)　電気泳動の結果PCR産物はすべてバンドが検出されていたため今後使用できるものと判断した

(4)　電気泳動の結果バンドは一切検出されなかった

(5)　過酸化水素を加えていないコントロールもともと光っていたため、

比過酸化水素を加えた方のGFPによる光の強度にあまり差が見られなかった

Consideration

(1)　pSB6A1(K121013)については、

カットチェックの結果、いずれも予想より1本ずつバンドが多い結果となった

このベクターは使わないほうが良いかもしれない

(4)　前日のフェノールクロロホルム処理の続きで遠心をかけて2層になってしまったのは、

前日の手順でフェノールを加え遠心した後に上清を回収し忘れたものではないか、

またイソプロパノールをきちんと加えたのかが疑わしい

@@ Line 1: / Line 1: @@
 == August 30 ==
+<div align="right"><span style="font-size:10pt;">[[#notebook|>>top]]</span></div>
-【時間】
+'''Time'''
 :9:00～
-【実験担当】
+'''Member'''
 :岩城,福山,古道,吉村,足立
+:Iwaki,Fukuyama,Furumichi,Yoshimura,Adachi
-【実験目的】
+'''Purpose'''
-:(1)　pSB6A1(BBa_K121013:plomotor less)
+:# DNA miniprep of pSB6A1(K121013),pSB6A1(K362008) and pSB6A1(K362012).And confirm by agarose gel electrophoresis.[Fukuyama,Adachi,Yoshimura]
-::pSB6A1(BBa_K121013:ahp)
+:# Isolation of pSB6A1(K121013) fragments from agarose gel and ligation.[Yoshimura]
-::pSB6A1(BBa_K121013:sufA)
+:# PCR of ahpC,OxyR,SodA and SufA.[Furumichi]
-::のアルカリミニプレップ,電気泳動によるバンド大きさの確認
+:# Concentrate by Phenol/chloroform  and agarose gel electrophoresis of pSB6A1(K121013).[Furumichi]
-:(2)　pSB6A1(BBa_K121013)のゲル抽出・ライゲーション
+:# Add H<sub>2</sub>O<sub>2</sub> to pSB6A1(K362012) and observe by microscope.[Furumichi]
-:(3)　ahpC,OxyR,SodA,SufAのPCR
+:(1)　pSB6A1(K121013)
-:(4)　前日やり残したpSB6A1(BBa_K121013)のフェノールクロロホルム処理の続きと電気泳動
+::pSB6A1(K362008)
-:(5)　培養したSufA(GFP on pSB6A1 K121013)に過酸化水素を加え顕鏡
+::pSB6A1(K362012)
+::のアルカリミニプレップ,電気泳動によるバンド大きさの確認　[福山、足立、吉村]
+:(2)　pSB6A1(K121013)のゲル抽出・ライゲーション　[吉村]
+:(3)　ahpC,OxyR,SodA,SufAのPCR　[古道]
+:(4)　前日やり残したpSB6A1(K121013)のフェノールクロロホルム処理の続きと電気泳動　[古道]
+:(5)　培養したpSB6A1(K362012)に過酸化水素を加え顕鏡　[古道]
-【実験内容】
+'''Method'''
 :(1)　アルカリミニプレップ,電気泳動によるバンド大きさの確認
+<TABLE BORDER="0"><TR>
+<TD>
 ::　前日から培養したE.coliを1.5mlエッペンに８割ほど移した
 ::　↓20℃、14500rpmで1分間遠心して集菌した
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 ::　↓20℃、14500rpmで30秒間遠心した
 ::　↓溶出液を回収
-::　↓下の表のように２種類の溶液を作成し、それぞれ10μlずつとって2μlの
+::　↓右の表のように２種類の溶液を作成し、それぞれ10μlずつとって2μlの
 ::　　loading dyeを加え、135Vで15分間電気泳動をした
+</TD>
+<TD></TD><TD></TD>
+<TD VALIGN="bottom">
 :<TABLE BORDER="1"><TR>
 :<TD></TD><TD>溶液1</TD><TD>溶液2</TD></TR>
@@ Line 48: / Line 58: @@
 :<TD>DNA溶液</TD><TD>10μl</TD><TD>10μl</TD></TR>
 :<TR>
-:<TD>bufferM</TD><TD>2μl</TD><TD>2μl</TD></TR>
+:<TD>M buffer</TD><TD>2μl</TD><TD>2μl</TD></TR>
 :<TR>
 :<TD>EcoRⅠ</TD><TD>0.5μl</TD><TD></TD></TR>
@@ Line 58: / Line 68: @@
 :<TD>全量</TD><TD>20μl</TD><TD>20μl</TD></TR>
 :</TABLE>
+</TD></TR></TABLE>
-:(2)　pSB6A1(BBa_K121013)のゲル抽出・ライゲーション
+:(2)　pSB6A1(K121013)のゲル抽出・ライゲーション
 ::　(1)で制限酵素処理をしたものを2.5時間37℃でインキュベートした
 ::　↓CIAPを3μl加え、25分間37℃でインキュベートした
@@ Line 100: / Line 111: @@
 :<TD>2mM d NTPs</TD><TD>5μL</TD></TR>
 :<TR>
-:<TD>2mM MgSO₄</TD><TD>4μL</TD></TR>
+:<TD>2mM MgSO<SUB>4</SUB></TD><TD>4μL</TD></TR>
 :<TR>
 :<TD>MilliQ</TD><TD>33μL</TD></TR>
@@ Line 120: / Line 131: @@
-:(4)　pSB6A1(BBa_K121013)のフェノールクロロホルム処理の続きと電気泳動
+:(4)　pSB6A1(K121013)のフェノールクロロホルム処理の続きと電気泳動
-::　↓遠心、4℃、14000rpm、20min
+::　↓遠心、4℃、14,000rpm、20min
 ::　↓なぜか2層になってしまったので上清を回収し3MCH₃COONaを50µl加え混ぜた
 ::　↓イソプロパノールを0.4ml加え混ぜ、4℃、14000rpm、10minで遠心した
@@ Line 129: / Line 140: @@
 ::　↓電気泳動をかけて今後使用できるものか確認した
-:(5)　培養したSufA(GFP on pSB6A1 K121013)に過酸化水素を加え顕鏡
+:(5)　培養したpSB6A1(K362012)に過酸化水素を加え顕鏡
-::　アンピシリン入りLB液体培地 2mlにSufA(GFP on pSBA1 K121013)を白金耳でプレカルチャーし、
+::　アンピシリン入りLB液体培地 2mlにpSB6A1(K362012)を白金耳でプレカルチャーし、
 ::　　37℃で6時間振とう培養した
-::　↓培養したSufA(GFP on pSB6A1 K121013)500µlに400mM H<SUB>2</SUB>O<SUB>2</SUB>を5µlを加え、菌にストレスを与えた
+::　↓培養したpSB6A1(K362012)500µlに400mM H<SUB>2</SUB>O<SUB>2</SUB>を5µlを加え、菌にストレスを与えた
 ::　↓5min、室温、放置した
 ::　↓10000rpmで1分間遠心した
-::　↓上清を捨て滅菌水で洗浄し再び10000rpmで1分間遠心した
+::　↓上清を捨て滅菌水で洗浄し再び10,000rpmで1分間遠心した
 ::　↓上清を捨て、沈殿を用いて顕微鏡観察した
-【実験結果】
+'''Results'''
-:(1)　pSB6A1(BBa_K121013:plomotor less)
+:(1)　pSB6A1(K121013)
 ::　　　EcoRⅠ、SpeⅠで切断→バンドが3本見られた
 ::　　　SpeⅠのみで切断→2本ずつバンドが見られた
-::pSB6A1(BBa_K121013:ahp)
+::pSB6A1(K362008)
 ::　　　EcoRⅠ、SpeⅠで切断→4kbと1kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
 ::　　　SpeⅠのみで切断→4kb~5kbあたりのところに1本バンドが見られた
-::pSB6A1(BBa_K121013:sufA)
+::pSB6A1(K362012)
 ::　　　EcoRⅠ、SpeⅠで切断→4kbと1kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
 ::　　　SpeⅠのみで切断→4kb~5kbあたりのところに1本バンドが見られた
 :(2)　翌日、コロニーが確認できた
 :(3)　電気泳動の結果PCR産物はすべてバンドが検出されていたため今後使用できるものと判断した
 :(4)　電気泳動の結果バンドは一切検出されなかった
 :(5)　過酸化水素を加えていないコントロールもともと光っていたため、
 ::比過酸化水素を加えた方のGFPによる光の強度にあまり差が見られなかった
-【考察】
+'''Consideration'''
-:(1)　pSB6A1(BBa_K121013:plomotor less)については、
+:(1)　pSB6A1(K121013)については、
-::カットチェックの結果、いずれも予想より1本ずつバンドが多い結果となった。
+::カットチェックの結果、いずれも予想より1本ずつバンドが多い結果となった
 ::このベクターは使わないほうが良いかもしれない
 :(4)　前日のフェノールクロロホルム処理の続きで遠心をかけて2層になってしまったのは、
 ::前日の手順でフェノールを加え遠心した後に上清を回収し忘れたものではないか、
 ::またイソプロパノールをきちんと加えたのかが疑わしい