Template:KIT-Kyoto-Augsut25

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Latest revision as of 11:21, 25 October 2010

August 25

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Time

9:00～21:00

Member

岩城,古道,竹内,吉村

Iwaki,Furumichi,Takeuchi,Yoshimura

Purpose

The survivorship curve of E. coli　is examined. [Yoshimura]
The survivorship curve of E. coli　is examined. [Yoshimura]
Pre-culture of pSB1A2(I13507) , pSB1A2(E0430) and pSB1A2(J22005).[Furumichi]
Transform pSB1A2(I13507) and pSB1A2(E0420) into the competent cells.[Furumichi]
Ligation of AcrAB-pSB6A1(K121013) and dps-pSB6A1(K121013).[Iwaki,Takeuchi]
DNA miniprep pSB3K3(J04450),pSB6A1(K121013),pSB1A2(E0240),pSB1AK3(I732950) and pSB4A5(K193602).[Iwaki,Takeuchi]

(1)　大腸菌の生存曲線を調べる(3日目)　[吉村]

(2)　大腸菌の生存曲線を調べる(1日目)　[吉村]

(3)　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0430),pSB1A2(J22005)のプレカルチャー　[古道]

(4)　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0420)をDH5αに形質転換　[古道]

(5)　dps,AcrAB-pSB6A1(K121013)のLigation　[岩城、竹内]

(6)　pSB3K3(J04450),pSB6A1(K121013),pSB1A2(E0240),

pSB1AK3(I732950),pSB4A5(K193602)のプラスミド抽出　[岩城、竹内]

Method

(1)　大腸菌の生存曲線を調べる

　プレートにコロニーが生えているか確認し、コロニーの数を数えた

(2)　過酸化水素の浸透性を利用し、大腸菌の生存曲線を調べる

　実験(1)でcontrolのプレートにコロニーが生えなかったので、違った方法でプレートを作成した

　DH5αをO.D.600=0.4~0.6になるまで培養した

　↓培養後、LB1mlに対して、培養液を1ml加えて希釈した

　↓希釈した培養液10μlをLBプレートにまき、37℃で1時間インキュベートした

　↓1時間後、過酸化水素水をLBプレートの中心に20μl滴下し、

　　滴下した過酸化水素水がLBプレートに完全に浸透するまで待った

　↓完全に浸透したのを確認し、37℃でインキュベートした(overnight)

(3)　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0430),pSB1A2(J22005)のプレカルチャー

　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0430),pSB1A2(J22005)の

　コロニーをピックアップしLB液体培地(+amp)に入れた

　↓37℃で振とう培養した

(4)　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0420),をDH5αに形質転換

　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0420)をそれぞれ1µl取り、そこにDH5α 100µlを加え混ぜた

　↓氷上、30min

　↓42℃で45秒間、熱ショックを与えた

　↓氷上、2min

　↓SOC培地0.9mlを加えた

　↓37℃で1時間振とう培養した

　↓400µlずつLB(+amp)プレートに播いて37℃でインキュベートした(overnight)

(5)　dps,AcrAB-pSB6A1(K121013)のLigation

EcoRⅠ-SpeⅠで制限酵素処理したdps,AcrABと
EcoRⅠ-XbaⅠで制限酵素処理したpSB6A1(K121013)に電気泳動を行い、
ゲル抽出、ライゲーションを行った

dpsは前日(24日)に制限酵素処理したものを用いた
↓pSB6A1(K121013)の制限酵素処理を行った
↓右表に従い試薬を混合し、37℃で30分間インキュベートした
↓CIAP 1μLを加えて、37℃で30分間インキュベートした
↓dpsとpSB6A1(K121013)それぞれにOrange Loading Dyeを10μLずつ加え、
　30μずつ、レーンにアプライした

↓ゲルのレーンには左2列にpSB6A1(K121013)を、右2列にdpsを流した

＜試薬組成＞
DNAsol	30μL
M buffer	5μL
EcoRⅠ	1μL
XbaⅠ	1μL
H₂O	13μL
全量	50μL

(6)　大量培養後のアルカリミニプレップ

　以下の5種類のベクターを用意した

　　　　pSB3K3(J04450)

　　　　pSB6A1(K121013)

　　　　pSB1A2(E0240)

　　　　pSB1AK3(I732950)

　　　　pSB4A5(K193602)

　菌液をチューブに入る量だけ入れた

　↓4℃、14,000rpmで5分間遠心した

　↓上清を捨てた後、菌液を更に追加した

　↓4℃、14,000rpmで5分間遠心した

　↓以上の操作を菌液がなくなるまで繰り返した

　↓solⅠ 4mLを加え、vortexした

　↓solⅡ 200μLを加えon ice 5min.

　↓solⅢを150μL加えon ice 5min.

　↓4℃、14,000rpmで10分間遠心した

　↓イソプロパノール400μL(等量)を加えた

　↓4℃、14,000rpmで20分間遠心した

　↓70%EtOHを200μL加えた

　↓4℃、14,000rpmで10分間遠心した

　↓遠心乾燥を行った

　↓これをTE(RNase)30μLに溶解し、冷蔵保存した

Results

(1)　コロニー数を数えて以下の表にまとめた

H₂O₂濃度	0mM(control)	100nM	10nM	1nM	100pM	10pM	1pM
コロニー数	0	7	147	59	0	144	289

controlのプレートになぜかコロニーが生えなかった

この実験では大腸菌をプレートにまく作業を７回繰り返したため、時間差が生じてしまったのが原因とみられる

とにかくcontrolプレートに大腸菌が生えなければどうしようもないので、この結果は不採用とした

(2)　8月26日に結果を記載した

(3)　三本ともプレカルチャーが成功したため、8月27日の実験で使用した

(4)　pSB1A2(I13507) ,pSB1A2(E0420)のトランスフォーメーションは成功した

よって、8月27日の実験で使用することになった

(5)　ゲル抽出に移る前にdpsのバンドが十分量検出できなかったため、

ゲル抽出、およびLigationを行うことができなかった

pSB6A1(K121013)のバンドははっきりと見えたが、濃度としては不十分だった

(6)　すべてのプラスミドの濃度が低かった

@@ Line 1: / Line 1: @@
 == August 25 ==
+<div align="right"><span style="font-size:10pt;">[[#notebook|>>top]]</span></div>
-【時間】
+'''Time'''
 :9:00～21:00
-【実験担当】
+'''Member'''
 :岩城,古道,竹内,吉村
+:Iwaki,Furumichi,Takeuchi,Yoshimura
-【実験名】
+'''Purpose'''
-:(1)　大腸菌の生存曲線を調べる
+:# The survivorship curve of E. coli　is examined. [Yoshimura]
-:(2)　過酸化水素の浸透性を利用し、大腸菌の生存曲線を調べる
+:# The survivorship curve of E. coli　is examined. [Yoshimura]
-:(3)　DH5α pSB1A2(BBa_I13507),DH5α pSB1A2(BBa_E0430),DH5α pSB1A2(BBa_J22005)のプレカルチャー
+:# Pre-culture of pSB1A2(I13507) , pSB1A2(E0430) and pSB1A2(J22005).[Furumichi]
-:(4)　pSB1A2(BBa_I13507),pSB1A2(BBa_E0420),をDH5αに形質転換
+:# Transform pSB1A2(I13507) and pSB1A2(E0420) into the competent cells.[Furumichi]
-:(5)　dps,AcrAB-K121013 on pSB6A1のLigation(ベクターとプロモーターのカットチェックまで)
+:# Ligation of AcrAB-pSB6A1(K121013) and dps-pSB6A1(K121013).[Iwaki,Takeuchi]
-:(6)　大量培養後のアルカリミニプレップ
+:# DNA miniprep pSB3K3(J04450),pSB6A1(K121013),pSB1A2(E0240),pSB1AK3(I732950) and pSB4A5(K193602).[Iwaki,Takeuchi]
+:(1)　大腸菌の生存曲線を調べる(3日目)　[吉村]
-【実験目的】
+:(2)　大腸菌の生存曲線を調べる(1日目)　[吉村]
-:(1)　大腸菌の生存曲線を調べる(3日目)
+:(3)　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0430),pSB1A2(J22005)のプレカルチャー　[古道]
-:(2)　大腸菌の生存曲線を調べる(1日目)
+:(4)　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0420)をDH5αに形質転換　[古道]
-:(3)　DH5α pSB1A2(BBa_I13507),DH5α pSB1A2(BBa_E0430),DH5α pSB1A2(BBa_J22005)のプレカルチャー
+:(5)　dps,AcrAB-pSB6A1(K121013)のLigation　[岩城、竹内]
-:(4)　pSB1A2(BBa_I13507),pSB1A2(BBa_E0420)をDH5αに形質転換
-:(5)　dps,AcrAB-K121013 on pSB6A1のLigation
 :(6)　pSB3K3(J04450),pSB6A1(K121013),pSB1A2(E0240),
-::pSB1AK3(I732950),pSB4A5(K193602)のプラスミド抽出
+::pSB1AK3(I732950),pSB4A5(K193602)のプラスミド抽出　[岩城、竹内]
-【実験内容】
+'''Method'''
 :(1)　大腸菌の生存曲線を調べる
 ::　プレートにコロニーが生えているか確認し、コロニーの数を数えた
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 ::　↓完全に浸透したのを確認し、37℃でインキュベートした(overnight)
-:(3)　DH5α pSB1A2(BBa_I13507),DH5α pSB1A2(BBa_E0430),DH5α pSB1A2(BBa_J22005)のプレカルチャー
+:(3)　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0430),pSB1A2(J22005)のプレカルチャー
-::　DH5α pSB1A2(BBa_I13507),DH5α pSB1A2(BBa_E0430),DH5α pSB1A2(BBa_J22005)の
+::　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0430),pSB1A2(J22005)の
 ::　コロニーをピックアップしLB液体培地(+amp)に入れた
 ::　↓37℃で振とう培養した
-:(4)　pSB1A2(BBa_I13507),pSB1A2(BBa_E0420),をDH5αに形質転換
+:(4)　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0420),をDH5αに形質転換
-::　pSB1A2(BBa_I13507),pSB1A2(BBa_E0420)をそれぞれ1µl取り、そこにDH5α 100µlを加え混ぜた
+::　pSB1A2(I13507),pSB1A2(E0420)をそれぞれ1µl取り、そこにDH5α 100µlを加え混ぜた
 ::　↓氷上、30min
 ::　↓42℃で45秒間、熱ショックを与えた
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 ::　↓SOC培地0.9mlを加えた
 ::　↓37℃で1時間振とう培養した
-::　↓400µlずつアンピシリン入りのLBプレートに播いて37℃でインキュベートした(overnight)
+::　↓400µlずつLB(+amp)プレートに播いて37℃でインキュベートした(overnight)
-:(5)　dps,AcrAB-K121013 on pSB6A1のLigation
+:(5)　dps,AcrAB-pSB6A1(K121013)のLigation
 ::<TABLE BORDER="0"><TR>
 ::<TD>
 EcoRⅠ-SpeⅠで制限酵素処理したdps,AcrABと<BR>
-EcoRⅠ-XbaⅠで制限酵素処理したK121013 on pSB6A1に電気泳動を行い、ゲル抽出、ライゲーションを行った<BR>
+EcoRⅠ-XbaⅠで制限酵素処理したpSB6A1(K121013)に電気泳動を行い、<BR>
+ゲル抽出、ライゲーションを行った<BR>
 <BR>
 dpsは前日(24日)に制限酵素処理したものを用いた<BR>
-↓K121013 on pSB6A1の制限酵素処理を行った<BR>
+↓pSB6A1(K121013)の制限酵素処理を行った<BR>
 ↓右表に従い試薬を混合し、37℃で30分間インキュベートした<BR>
 ↓CIAP 1μLを加えて、37℃で30分間インキュベートした<BR>
-↓dpsとK121013 on pSB6A1それぞれにOrange Loading Dyeを10μLずつ加え、<BR>
+↓dpsとpSB6A1(K121013)それぞれにOrange Loading Dyeを10μLずつ加え、<BR>
 μずつ、レーンにアプライした<BR>
-↓ゲルのレーンには左2列にK121013 on pSB6A1を、右2列にdpsを流した</TD>
+↓ゲルのレーンには左2列にpSB6A1(K121013)を、右2列にdpsを流した</TD>
 ::<TD></TD><TD></TD>
 ::<TD><TABLE BORDER="1"><TR>
@@ Line 72: / Line 72: @@
 ::<TD>M buffer</TD><TD>5μL</TD></TR>
 ::<TR>
-::<TD>EcoRⅠ</TD><TD>1μL</TD></TR>
+::<TD>''EcoR''Ⅰ</TD><TD>1μL</TD></TR>
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-::<TD>XbaⅠ</TD><TD>1μL</TD></TR>
+::<TD>''Xba''Ⅰ</TD><TD>1μL</TD></TR>
 ::<TR>
-::<TD>H2O</TD><TD>13μL</TD></TR>
+::<TD>H<SUB>2</SUB>O</TD><TD>13μL</TD></TR>
 ::<TR>
 ::<TD>全量</TD><TD>50μL</TD></TR>
@@ Line 105: / Line 105: @@
 ::　↓これをTE(RNase)30μLに溶解し、冷蔵保存した
-【実験結果】
+'''Results'''
 :(1)　コロニー数を数えて以下の表にまとめた
 ::<TABLE BORDER="1"><TR>
@@ Line 117: / Line 117: @@
 :(2)　8月26日に結果を記載した
 :(3)　三本ともプレカルチャーが成功したため、8月27日の実験で使用した
-:(4)　pSB1A2(BBa_I13507) ,pSB1A2(BBa_E0420)のトランスフォーメーションは成功した
+:(4)　pSB1A2(I13507) ,pSB1A2(E0420)のトランスフォーメーションは成功した
 ::よって、8月27日の実験で使用することになった
 :(5)　ゲル抽出に移る前にdpsのバンドが十分量検出できなかったため、
 ::ゲル抽出、およびLigationを行うことができなかった
-::(K121013 on pSB6A1のバンドははっきりと見えたが、濃度としては不十分だった
+::pSB6A1(K121013)のバンドははっきりと見えたが、濃度としては不十分だった
 ::(6)　すべてのプラスミドの濃度が低かった