Template:KIT-Kyoto-September2

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:(1) pSB6A1(K121013)の濃縮と制限酵素処理
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# Concentration of pSB6A1(K121013) and digestion by restriction enzymes.[Fukuyama]
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:(2) プロモーターDNAのみを得る
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# Isolation of promoter DNA fragments from agarose gel.[Fukuyama]
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:(3) プロモーターDNAを精製する
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# Concentrate promoter DNA by Phenol/chloroform.[Adachi]
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# Isolation of pSB6A1(K121013),pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430) and pSB1A2(I13507) fragments from agarose gel.[Furumichi]
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:(1) pSB6A1(K121013)の濃縮と制限酵素処理 [福山]
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:(2) プロモーターDNAのみを得る [福山]
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:(3) プロモーターDNAを精製する [足立]
:(4) 制限酵素処理済のpSB6A1(K121013)、pSB1A2(E0420)
:(4) 制限酵素処理済のpSB6A1(K121013)、pSB1A2(E0420)
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::pSB1A2(E0430)、pSB1A2(I13507)のDNA抽出をする
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::pSB1A2(E0430)、pSB1A2(I13507)のDNA抽出をする [古道]
'''Method'''
'''Method'''

Latest revision as of 15:49, 25 October 2010

September 2

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Time

9:00~

Member

岩城,福山,古道,足立
Iwaki,Fukuyama,Furumichi,Adachi

Purpose

  1. Concentration of pSB6A1(K121013) and digestion by restriction enzymes.[Fukuyama]
  2. Isolation of promoter DNA fragments from agarose gel.[Fukuyama]
  3. Concentrate promoter DNA by Phenol/chloroform.[Adachi]
  4. Isolation of pSB6A1(K121013),pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430) and pSB1A2(I13507) fragments from agarose gel.[Furumichi]
(1) pSB6A1(K121013)の濃縮と制限酵素処理 [福山]
(2) プロモーターDNAのみを得る [福山]
(3) プロモーターDNAを精製する [足立]
(4) 制限酵素処理済のpSB6A1(K121013)、pSB1A2(E0420)
pSB1A2(E0430)、pSB1A2(I13507)のDNA抽出をする [古道]

Method

(1) pSB6A1(K121013)の濃縮と制限酵素処理
 pSB6A1(K121013)の2試料(試料A,B)のうち、
 試料Aの一部を右表1,2の通りに制限酵素処理して135Vで15分間電気泳動した
 ↓試料A,Bに酢酸ナトリウム200μL、イソプロパノール400μL(等量)を加えた
 ↓4℃、14,000rpmで20分間遠心した
 ↓70%EtOHを200μL加えた
 ↓4℃、14,000rpmで10分間遠心した
 ↓遠心乾燥を行った
 ↓これにMilliQ30μLを加えた
 ↓表3の通りに各試薬を加えて37℃で3時間ほどインキュベートした
    ※試料Bはここまで(一晩インキュベート)
 ↓CIAPを3μl加えて37℃で30分間インキュベートした 
 ↓3-colors Indicatorを8μl加え、50Vで1時間電気泳動した
表1
DNA10μl
Buffer H2μl
EcoR0.3μl
Pst0.3μl
MilliQ7.4μl
total20μl
表2
DNA10μl
MilliQ10μl
total20μl
表3
DNA溶液30μl
EcoR0.5μl
Pst0.5μl
H Buffer4μl
MilliQ5μl
total40μl
(2) プロモーター(hemH,AcrAB,yaiA,SodA)のゲル抽出
 Orange Loading Dyeを加え、青ゲルにapplyした
 ↓1kbpマーカーとともに50Vで1時間電気泳動した
 ↓バンドのある部分のゲルを切り出し、エッペンに入れた
 ↓ゲルの3倍量のBufferQGを加え、50℃-10minでインキュベートし、2,3分毎に振り混ぜた
 ↓ゲルの溶解後、ゲルと等量のisopropanolを加え、カラムに乗せた
 ↓cfg.10,000rpm-1min
 ↓抽出物を捨て、0.5mLのBufferQGを加えた
 ↓cfg.10,000rpm-1min
 ↓抽出物を捨て、0.75mLのBufferPEを加えた
 ↓cfg.10,000rpm-1min
 ↓抽出物を捨て、エッペンにカラムを乗せかえH2Oを370μL加えた
 ↓cfg.10,000rpm-1min
 ↓溶出液を新しいエッペンチューブにうつした   
(3) プロモーター(dps,SodA,yaiA,AcrAB,hemH,OxyR)のフェノクロ処理
<材料>
 PCR済みのプロモーター(dps,SodA,yaiA,AcrAB,hemH,OxyR)
 H2O
 フェノールクロロホルム
 2-プロパノール
 70%ethanol
<方法>
 PCR後のDNAを以下の量エッペンに取り、全量600μlになるようH2Oを加え調節した
 hemH,OxyRについては、前回DNA量200μlでGEL抽出を行なおうとした際バンドが薄く抽出できなかったため、
 他のプロモーターのDNA量よりも増やした
dpsSodAyaiAAcrABhemHOxyR
DNA(μl)200200200200400400
H2O(μl)400400400400200200
計(μl)
600
 ↓CH3COONa 50μlを各エッペンに加えた。
 ↓フェノールクロロホルムをエッペンの8割ぐらいまで入れた
 ↓2,3回振ったのち、白濁するまでvoltexをした
 ↓cfg,14500rpm,5min,Tr(室温)
 ↓上清を回収したのち、2-プロパノールをエッペンの8割ぐらいまで加えた
 ↓cfg,14500rpm,10min,4℃
 ↓上清を捨て、70%ethanolをエッペンの8割ぐらいまで加えた
 ↓cfg,14500rpm,3min,4℃
 ↓上清を捨てた
 ↓遠心乾燥機でペレットが乾燥するまで待った
 ↓RNase in TE(10mg/ml)を各エッペンに30μlずつ加えた
(4) 制限酵素処理済のpSB6A1(K121013)、pSB1A2(E0420)、
pSB1A2(E0430)、pSB1A2(I13507)のDNA抽出
 一晩制限酵素処理したpSB6A1(K121013)にCIAPを3µl加え、37℃で30分間インキュベートした
 ↓アルカリフォスファターゼ処理し終えたpSB6A1(K121013)とpSB1A2(E0420)、
  pSB1A2(E0430)、pSB1A2(I13507)を1%青ゲルに流し135Vで15分間電気泳動した
 ↓バンドが検出されゲルの切り出しができそうなpSB1A2(E0420)
  pSB1A2(E0430)、pSB1A2(I13507)のゲルを切り出した
 ↓切りだしたゲルの重さを事前に量った
 ↓ゲルの三倍量のBufferQGを加え、50℃-10minでインキュベート
 ↓ゲルの溶解後、ゲルと等量のisopropanolを加え、カラムに乗せた
 ↓cfg.10,000rpm-1min
 ↓抽出物を捨て、0.5mLのBufferQGを加えた
 ↓cfg.10,000rpm-1min
 ↓抽出物を捨て、0.75mLのBufferPEを加えた
 ↓cfg.10,000rpm-1min
 ↓抽出物を捨て、エッペンにカラムを乗せかえH2Oを37μL加えた
 ↓cfg.10,000rpm-1min
 ↓保存した

Results

(1) カットチェックは問題なかったが、ゲル抽出のための電気泳動後、
2本みえるはずのバンドが何故か4本確認できた。おかしな結果がでた試料Aは廃棄することにした
(2) 本当は最後は37μlのMilliQを加えるはずが、誤って370μl加えてしまった
今日は吸光度を計測しなかったので、濃度はまだ分かっていない
(3) 各プロモーターDNAを精製することができた
(4) 電気泳動の結果、pSB6A1(K121013)にはバンドが現れずまたは薄すぎて見えなかったのか、
ゲル抽出をすることができなかった。そのためpSB6A1(K121013)の濃縮を行う必要があった
その濃縮を実験内容(1)で行った