Template:KIT-Kyoto-Augsut31

From 2010.igem.org

(Difference between revisions)

Latest revision as of 11:51, 25 October 2010

August 31

>>top

Time

9:00～

Member

岩城,福山,古道,吉村

Iwaki,Fukuyama,Furumichi,Yoshimura

Purpose

DNA miniprep of pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430) and pSB1A2(I13507).And digestion by restriction enzymes.[Fukuyama]
Digestion of pSB6A1(K121013) by restriction enzymes.[Fukuyama]
PCR of hemH,dps and yaiA.[Furumichi]

(1)　pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430),pSB1A2(I13507)のアルカリミニプレップ、カットチェック　[福山]

(2)　アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)のカットチェック [福山]

(3)　hemH,dps,yaiAのPCR　[古道]

Method

(1)　アルカリミニプレップ、カットチェック

DH5α pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430),pSB1A2(I13507)を
それぞれ1.5mlエッペンチューブにうつした
↓20℃、14,500rpmで1分間遠心して集菌した
↓上清を捨てた
↓SolutionⅠを250μｌ加えてピペッティングし、ボルテックスした
↓SolutionⅡを250μl加えた
↓SolutionⅢを350μl加えた
↓20℃、14,500rpmで5分間遠心した
↓上清をカラムに入れた
↓20℃、14500rpmで30秒間遠心した
↓抽出液を捨てた
↓SolutionⅣを500μlカラムに加えた
↓20℃、14,500rpmで1分間遠心した
↓抽出液を捨てた
↓SolutionⅤを700μlカラムに加えた
↓20℃、14,500rpmで30秒間遠心した
↓抽出液を捨てた
↓20℃、14,500rpmで30秒間遠心した
↓抽出液を捨てた
↓滅菌水をカラムに入れた
↓20℃、14,500rpmで30秒間遠心した
↓溶出液を回収した
↓酢酸ナトリウムとイソプロパノールを溶出液量に対して、
　それぞれ1/10倍、等量加えてまぜた
↓4℃、14,000rpmで10分間遠心した
↓上清をすて、70％エタノールを各エッペンに800μlずつ加えた
↓4℃、14,000rpmで5分間遠心した
↓上清をすて、遠心乾燥機で乾燥した
↓MilliQを30μl加えた

↓右の表1通りに調整した溶液を135Vで15分間電気泳動した

＜表1＞
DNA溶液	5μl
Buffer H	2μl
EcoRⅠ	0.75μl
PstⅠ	0.75μl
Milli Q	11.5μl
全量	20μl

(2)　アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)のカットチェック

アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)に
　　　1. ahpを挿入したもの
　　　2. sufAを挿入したもの
　　　3. プロモーターレスのもの
の溶液を右の表2のように、それぞれ4つないし3つ試料を作成し、
135Vで15分間電気泳動をした(試料4は3.のみ)

＜表2＞
	DNA溶液	BufferM	EcoRⅠ	XbaⅠ	PstⅠ	MilliQ
試料1	10μl	2μl	1μl			7μl
試料2	10μl	2μl		1μl		7μl
試料3	10μl	2μl			1μl	7μl
試料4	10μl					10μl

(3)　hemH,dps,yaiAのPCR

　プライマー(Forward)、プライマー(Reverse)を

　すでにMixしたプライマー(hemH,dps,yaiA)を各1.5μLずつ、500μLのエッペンに入れた

　↓それぞれのエッペンに下表の組成で溶液を加えた

　↓それらを下表のプログラムでPCR反応を行った

　↓PCR産物を電気泳動にかけ、今後使用できるものか確認した

＜試薬組成＞
テンプレートDNA(DH5α)	各0.5μL
10×PCR Buffer for KOD-Plus-	5μL
2mM d NTPs	5μL
2mM MgSO₄	4μL
MilliQ	33μL
KOD-Plus-	1μL

＜PCRプログラム＞
熱変性	熱変性	アニーリング	伸長反応	伸長反応	保存
94℃	94℃	60℃	68℃	68℃	4℃
2min	15sec	30sec	38sec	2min	保持
	30サイクル

Results

(1)　3kb~4kbと、1kb周辺にバンドが確認できた

これらはそれぞれベクター、インサートの大きさと一致するので制限酵素処理は成功していると思われる

(2)　カットチェックについて以下にまとめた

1.について

　　　試料1　6kbあたりにバンドが1本見られた

　　　試料2　6kbあたりにバンドが1本見られた

　　　試料3　5kbあたりにバンドが1本見られた

　→GFPの発現があまり見られなかった大腸菌と、

　　GFPの発現が顕著に見られた大腸菌の両方で確認した結果、

　　前者は試料1にはバンドが確認できなかった　　

　→また、なぜ制限酵素が違うとバンドの大きさが違ったのかも分からなかった

2.について

　　　試料1 6kbあたりにバンドが1本見られた

　　　試料2 6kbあたりにバンドが1本見られた

　　　試料3 6kbあたりにバンドが1本見られた

3.について

　　　試料1　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた

　　　試料2　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた

　　　試料3　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた

　　　試料4　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた

　→3.のプラスミドは理想通りの結果が得られなかったので、破棄することにした

(3)　PCR産物の電気泳動の結果、すべてバンドが検出されたので今後使用するものとする

ただし、hemHのバンドは他のものに対し薄かった

@@ Line 1: / Line 1: @@
 == August 31 ==
+<div align="right"><span style="font-size:10pt;">[[#notebook|>>top]]</span></div>
-【時間】
+'''Time'''
 :9:00～
-【実験担当】
+'''Member'''
 :岩城,福山,古道,吉村
+:Iwaki,Fukuyama,Furumichi,Yoshimura
-【実験名】
+'''Purpose'''
-:(1)　pSB1A2(BBa_E0420:CFP),pSB1A2(BBa_E0430:YFP),pSB1A2(BBa_I13507:RFP)のアルカリミニプレップ、カットチェック
+:# DNA miniprep of pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430) and pSB1A2(I13507).And digestion by restriction enzymes.[Fukuyama]
-:(2)　アルカリミニプレップを終えたｐSB6A1(BB_K121013)のカットチェック
+:# Digestion of pSB6A1(K121013) by restriction enzymes.[Fukuyama]
-:(3)　hemH,dps,yaiAのPCR
+:# PCR of hemH,dps and yaiA.[Furumichi]
+:(1)　pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430),pSB1A2(I13507)のアルカリミニプレップ、カットチェック　[福山]
-【実験目的】
+:(2)　アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)のカットチェック [福山]
-:(1)　pSB1A2(BBa_E0420:CFP),pSB1A2(BBa_E0430:YFP),pSB1A2(BBa_I13507:RFP)のアルカリミニプレップ、カットチェック
+:(3)　hemH,dps,yaiAのPCR　[古道]
-:(2)　アルカリミニプレップを終えたｐSB6A1(BB_K121013)のカットチェック
-:(3)　hemH,dps,yaiAのPCR
-【実験内容】
+'''Method'''
 :(1)　アルカリミニプレップ、カットチェック
 ::<TABLE BORDER="0"><TR>
 ::<TD>
-DH5α pSB1A2(BBa_E0420:CFP),pSB1A2(BBa_E0430:YFP),pSB1A2(BBa_I13507:RFP)を<BR>
+DH5α pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430),pSB1A2(I13507)を<BR>
 それぞれ1.5mlエッペンチューブにうつした<BR>
 ↓20℃、14,500rpmで1分間遠心して集菌した<BR>
@@ Line 59: / Line 58: @@
 ::<TD>Buffer H</TD><TD>2μl</TD></TR>
 ::<TR>
-::<TD>EcoRⅠ</TD><TD>0.75μl</TD></TR>
+::<TD>''EcoRⅠ''</TD><TD>0.75μl</TD></TR>
 ::<TR>
-::<TD>PstⅠ</TD><TD>0.75μl</TD></TR>
+::<TD>''PstⅠ''</TD><TD>0.75μl</TD></TR>
 ::<TR>
 ::<TD>Milli Q</TD><TD>11.5μl</TD></TR>
@@ Line 69: / Line 68: @@
 ::</TD></TR></TABLE>
-:(2)　アルカリミニプレップを終えたｐSB6A1(BB_K121013)のカットチェック
+:(2)　アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)のカットチェック
-アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(BBa_K121013)に
+::<TABLE BORDER="0"><TR>
-. ahpを挿入したもの
+::<TD VALIGN="top">アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)に<BR>
-. sufAを挿入したもの
+. ahpを挿入したもの<BR>
-. プロモーターレスのもの
+. sufAを挿入したもの<BR>
-の溶液を表2のように、それぞれ4つないし3つ試料を作成し、
+. プロモーターレスのもの<BR>
-Vで15分間電気泳動をした(試料4は3.のみ)
+の溶液を右の表2のように、それぞれ4つないし3つ試料を作成し、<BR>
+Vで15分間電気泳動をした(試料4は3.のみ)</TD>
-<TABLE BORDER="1"><TR>
+::<TD></TD><TD></TD>
-<TD>＜表2＞</TD></TR>
+::<TD><TABLE BORDER="1"><TR>
-<TR>
+::<TD>＜表2＞</TD></TR>
-<TD></TD><TD>DNA溶液</TD><TD>BufferM</TD><TD>EcoRⅠ</TD><TD>XbaⅠ</TD><TD>PstⅠ</TD><TD>MilliQ</TD></TR>
+::<TR>
-<TR>
+::<TD></TD><TD>DNA溶液</TD><TD>BufferM</TD><TD>''EcoR''Ⅰ</TD><TD>''Xba''Ⅰ</TD><TD>''Pst''Ⅰ</TD><TD>MilliQ</TD></TR>
-<TD>試料1</TD><TD>10μl</TD><TD>2μl</TD><TD>1μl</TD><TD>7μl
+::<TR>
-試料2 10μl 2μl  1μl  7μl
+::<TD>試料1</TD><TD>10μl</TD><TD>2μl</TD><TD>1μl</TD><TD></TD><TD></TD><TD>7μl</TD></TR>
-試料3 10μl 2μl   1μl 7μl
+::<TR>
-試料4 10μl     10μl
+::<TD>試料2</TD><TD>10μl</TD><TD>2μl</TD><TD></TD><TD>1μl</TD><TD></TD><TD>7μl</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD>試料3</TD><TD>10μl</TD><TD>2μl</TD><TD></TD><TD></TD><TD>1μl</TD><TD>7μl</TD></TR>
- (3)
+::<TR>
-プライマー（Forward）、プライマー（Reverse）をすでにMixしたプライマー(hemH, dps, yaiA)を各1.5μLずつ、500μLのエッペンに入れた
+::<TD>試料4</TD><TD>10μl</TD><TD></TD><TD></TD><TD></TD><TD></TD><TD>10μl</TD></TR>
+::</TABLE>
-　　　　　　　　　　↓
+::</TD></TR></TABLE>
-それぞれのエッペンに以下の組成で溶液を加えた
-テンプレートDNA(DH5α)各 0.5μL
-×PCR Buffer for KOD-Plus- 5μL
-mM d NTPs　5μL
-mM MgSO₄4μL
-MilliQ 33μL
-KOD-Plus- 1μL
-　　　　　　　　　　↓
-以下のプログラムでPCR反応を行った。
-(hemH,dps,yaiAのPCR反応)
-熱変性
- 熱変性
- アニーリング
- 伸長反応
- 伸長反応
- 保存
-℃
-℃
-℃
-℃
-℃
-℃
-min
-sec
-sec
-sec
-min
- 保持
-サイクル
+:(3)　hemH,dps,yaiAのPCR
+::　プライマー(Forward)、プライマー(Reverse)を
+::　すでにMixしたプライマー(hemH,dps,yaiA)を各1.5μLずつ、500μLのエッペンに入れた
+::　↓それぞれのエッペンに下表の組成で溶液を加えた
+::　↓それらを下表のプログラムでPCR反応を行った
+::　↓PCR産物を電気泳動にかけ、今後使用できるものか確認した
+::<TABLE BORDER="0"><TR>
+::<TD><TABLE BORDER="1"><TR>
+::<TD>＜試薬組成＞</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD>テンプレートDNA(DH5α)</TD><TD>各0.5μL</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD>10×PCR Buffer for KOD-Plus-</TD><TD>5μL</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD>2mM d NTPs</TD><TD>5μL</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD>2mM MgSO<SUB>4</SUB></TD><TD>4μL</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD>MilliQ</TD><TD>33μL</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD>KOD-Plus-</TD><TD>1μL</TD></TR>
+::</TABLE></TD>
+::<TD></TD><TD></TD>
+::<TD VALIGN="top"><TABLE BORDER="1"><TR>
+::<TD COLSPAN="3">＜PCRプログラム＞</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD>熱変性</TD><TD>熱変性</TD><TD>アニーリング</TD><TD>伸長反応</TD><TD>伸長反応</TD><TD>保存</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD>94℃</TD><TD>94℃</TD><TD>60℃</TD><TD>68℃</TD><TD>68℃</TD><TD>4℃</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD>2min</TD><TD>15sec</TD><TD>30sec</TD><TD>38sec</TD><TD>2min</TD><TD>保持</TD></TR>
+::<TR>
+::<TD></TD><TD COLSPAN="3">30サイクル</TD><TD></TD><TD></TD></TR>
+::</TABLE>
+::</TD></TR></TABLE>
-　　　　　　　　　　↓
+'''Results'''
-PCR産物を電気泳動にかけ今後使用できるものか確認した
+:(1)　3kb~4kbと、1kb周辺にバンドが確認できた
+::これらはそれぞれベクター、インサートの大きさと一致するので制限酵素処理は成功していると思われる
-【実験結果】
+:(2)　カットチェックについて以下にまとめた
-（1）
+::1.について
-kb~4kbあたりと、1kbあたりにバンドが確認できた。これはそれぞれベクター、
+::　　　試料1　6kbあたりにバンドが1本見られた
-インサートの大きさと一致するので、制限酵素処理は成功していると思われる。
+::　　　試料2　6kbあたりにバンドが1本見られた
+::　　　試料3　5kbあたりにバンドが1本見られた
-（2）
+::　→GFPの発現があまり見られなかった大腸菌と、
- ①→試料1       6kbあたりにバンドが1本見られた
+::　　GFPの発現が顕著に見られた大腸菌の両方で確認した結果、
-　　 試料2       6kbあたりにバンドが1本見られた
+::　　前者は試料1にはバンドが確認できなかった
-　　 試料3　　5kbあたりにバンドが1本見られた
+::　→また、なぜ制限酵素が違うとバンドの大きさが違ったのかも分からなかった
-※GFPの発現があまり見られなかった大腸菌と、GFPの発現が顕著に見られた大腸菌
+::2.について
-　の両方で確認した結果、前者は試料1にはバンドが確認できなかった
+::　　　試料1 6kbあたりにバンドが1本見られた
-※何故、制限酵素が違うとバンドの大きさも違ったのかよく分からなかった。
+::　　　試料2 6kbあたりにバンドが1本見られた
+::　　　試料3 6kbあたりにバンドが1本見られた
-②→試料1　　6kbあたりにバンドが1本見られた
+::3.について
-　　 試料2　　6kbあたりにバンドが1本見られた
+::　　　試料1　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
-　　 試料3　　6kbあたりにバンドが1本見られた
+::　　　試料2　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
-③→試料1　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
+::　　　試料3　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
-　　 試料2　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
+::　　　試料4　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
-　　 試料3　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
+::　→3.のプラスミドは理想通りの結果が得られなかったので、破棄することにした
-　　 試料4　　5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
+:(3)　PCR産物の電気泳動の結果、すべてバンドが検出されたので今後使用するものとする
-　　　　　→③のプラスミドは理想通りの結果が得られなかったので、破棄することにした
+::ただし、hemHのバンドは他のものに対し薄かった
-(3)PCR産物の電気泳動の結果、すべてバンドが検出されたので今後使用するものとする
-　　だが、hemHのバンドは他のものに対し薄かった