Template:KIT-Kyoto-Augsut31

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【時間】
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'''Time'''
:9:00~
:9:00~
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【実験担当】
+
'''Member'''
:岩城,福山,古道,吉村
:岩城,福山,古道,吉村
 +
:Iwaki,Fukuyama,Furumichi,Yoshimura
-
【実験名】
+
'''Purpose'''
-
:(1) pSB1A2(BBa_E0420:CFP),pSB1A2(BBa_E0430:YFP),pSB1A2(BBa_I13507:RFP)のアルカリミニプレップ、カットチェック
+
:# DNA miniprep of pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430) and pSB1A2(I13507).And digestion by restriction enzymes.[Fukuyama]
-
:(2) アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(BB_K121013)のカットチェック
+
:# Digestion of pSB6A1(K121013) by restriction enzymes.[Fukuyama]
-
:(3) hemH,dps,yaiAのPCR
+
:# PCR of hemH,dps and yaiA.[Furumichi]
-
 
+
:(1) pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430),pSB1A2(I13507)のアルカリミニプレップ、カットチェック [福山]
-
【実験目的】
+
:(2) アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)のカットチェック [福山]
-
:(1) pSB1A2(BBa_E0420:CFP),pSB1A2(BBa_E0430:YFP),pSB1A2(BBa_I13507:RFP)のアルカリミニプレップ、カットチェック
+
:(3) hemH,dps,yaiAのPCR [古道]
-
:(2) アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(BB_K121013)のカットチェック
+
-
:(3) hemH,dps,yaiAのPCR
+
-
【実験内容】
+
'''Method'''
:(1) アルカリミニプレップ、カットチェック
:(1) アルカリミニプレップ、カットチェック
::<TABLE BORDER="0"><TR>
::<TABLE BORDER="0"><TR>
::<TD>
::<TD>
-
DH5α pSB1A2(BBa_E0420:CFP),pSB1A2(BBa_E0430:YFP),pSB1A2(BBa_I13507:RFP)を<BR>
+
DH5α pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430),pSB1A2(I13507)を<BR>
それぞれ1.5mlエッペンチューブにうつした<BR>
それぞれ1.5mlエッペンチューブにうつした<BR>
↓20℃、14,500rpmで1分間遠心して集菌した<BR>
↓20℃、14,500rpmで1分間遠心して集菌した<BR>
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::<TD>Buffer H</TD><TD>2μl</TD></TR>  
::<TD>Buffer H</TD><TD>2μl</TD></TR>  
::<TR>
::<TR>
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::<TD>EcoRⅠ</TD><TD>0.75μl</TD></TR>
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::<TD>''EcoRⅠ''</TD><TD>0.75μl</TD></TR>
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::<TD>PstⅠ</TD><TD>0.75μl</TD></TR>
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::<TD>''PstⅠ''</TD><TD>0.75μl</TD></TR>
::<TR>
::<TR>
::<TD>Milli Q</TD><TD>11.5μl</TD></TR>
::<TD>Milli Q</TD><TD>11.5μl</TD></TR>
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::</TD></TR></TABLE>
::</TD></TR></TABLE>
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:(2) アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(BB_K121013)のカットチェック
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:(2) アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)のカットチェック
::<TABLE BORDER="0"><TR>
::<TABLE BORDER="0"><TR>
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::<TD VALIGN="top">アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(BBa_K121013)に<BR>
+
::<TD VALIGN="top">アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)に<BR>
   1. ahpを挿入したもの<BR>
   1. ahpを挿入したもの<BR>
   2. sufAを挿入したもの<BR>
   2. sufAを挿入したもの<BR>
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::<TD><表2></TD></TR>
::<TD><表2></TD></TR>
::<TR>
::<TR>
-
::<TD></TD><TD>DNA溶液</TD><TD>BufferM</TD><TD>EcoRⅠ</TD><TD>XbaⅠ</TD><TD>PstⅠ</TD><TD>MilliQ</TD></TR>  
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::<TD></TD><TD>DNA溶液</TD><TD>BufferM</TD><TD>''EcoR''Ⅰ</TD><TD>''Xba''Ⅰ</TD><TD>''Pst''Ⅰ</TD><TD>MilliQ</TD></TR>  
::<TR>
::<TR>
::<TD>試料1</TD><TD>10μl</TD><TD>2μl</TD><TD>1μl</TD><TD></TD><TD></TD><TD>7μl</TD></TR>
::<TD>試料1</TD><TD>10μl</TD><TD>2μl</TD><TD>1μl</TD><TD></TD><TD></TD><TD>7μl</TD></TR>
::<TR>
::<TR>
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::<TD>試料2</TD><TD>10μl</TD><TD>2μl</TD><TD></TD><TD>1μl</TD><TD></TD><TD>7μl</TD></TR>  
::<TR>
::<TR>
::<TD>試料3</TD><TD>10μl</TD><TD>2μl</TD><TD></TD><TD></TD><TD>1μl</TD><TD>7μl</TD></TR>  
::<TD>試料3</TD><TD>10μl</TD><TD>2μl</TD><TD></TD><TD></TD><TD>1μl</TD><TD>7μl</TD></TR>  
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::</TD></TR></TABLE>
::</TD></TR></TABLE>
-
(3)  
+
:(3) hemH,dps,yaiAのPCR
-
プライマー(Forward)、プライマー(Reverse)をすでにMixしたプライマー(hemH, dps, yaiA)を各1.5μLずつ、500μLのエッペンに入れた
+
:: プライマー(Forward)、プライマー(Reverse)を
-
 
+
:: すでにMixしたプライマー(hemH,dps,yaiA)を各1.5μLずつ、500μLのエッペンに入れた
-
          ↓     
+
:: ↓それぞれのエッペンに下表の組成で溶液を加えた
-
 
+
:: ↓それらを下表のプログラムでPCR反応を行った
-
それぞれのエッペンに以下の組成で溶液を加えた
+
:: ↓PCR産物を電気泳動にかけ、今後使用できるものか確認した
-
 
+
::<TABLE BORDER="0"><TR>
-
テンプレートDNA(DH5α)各 0.5μL  
+
::<TD><TABLE BORDER="1"><TR>
-
 
+
::<TD><試薬組成></TD></TR>
-
10×PCR Buffer for KOD-Plus- 5μL  
+
::<TR>
-
 
+
::<TD>テンプレートDNA(DH5α)</TD><TD>各0.5μL</TD></TR>
-
2mM d NTPs 5μL
+
::<TR>
-
 
+
::<TD>10×PCR Buffer for KOD-Plus-</TD><TD>5μL</TD></TR>
-
2mM MgSO₄4μL
+
::<TR>
-
 
+
::<TD>2mM d NTPs</TD><TD>5μL</TD></TR>
-
MilliQ 33μL  
+
::<TR>
-
 
+
::<TD>2mM MgSO<SUB>4</SUB></TD><TD>4μL</TD></TR>
-
KOD-Plus- 1μL  
+
::<TR>
-
 
+
::<TD>MilliQ</TD><TD>33μL</TD></TR>
-
          ↓
+
::<TR>
-
 
+
::<TD>KOD-Plus-</TD><TD>1μL</TD></TR>
-
以下のプログラムでPCR反応を行った。
+
::</TABLE></TD>
-
 
+
::<TD></TD><TD></TD>
-
(hemH,dps,yaiAのPCR反応)
+
::<TD VALIGN="top"><TABLE BORDER="1"><TR>
-
 
+
::<TD COLSPAN="3"><PCRプログラム></TD></TR>
-
 
+
::<TR>
-
熱変性
+
::<TD>熱変性</TD><TD>熱変性</TD><TD>アニーリング</TD><TD>伸長反応</TD><TD>伸長反応</TD><TD>保存</TD></TR>
-
熱変性
+
::<TR>
-
アニーリング
+
::<TD>94℃</TD><TD>94℃</TD><TD>60℃</TD><TD>68℃</TD><TD>68℃</TD><TD>4℃</TD></TR>
-
伸長反応
+
::<TR>
-
伸長反応
+
::<TD>2min</TD><TD>15sec</TD><TD>30sec</TD><TD>38sec</TD><TD>2min</TD><TD>保持</TD></TR>
-
保存
+
::<TR>
-
+
::<TD></TD><TD COLSPAN="3">30サイクル</TD><TD></TD><TD></TD></TR>
-
94℃
+
::</TABLE>
-
94℃
+
::</TD></TR></TABLE>
-
60℃
+
-
68℃
+
-
68℃
+
-
4℃
+
-
+
-
2min
+
-
15sec
+
-
30sec
+
-
38sec
+
-
2min
+
-
保持
+
-
+
-
+
-
30サイクル
+
-
 
+
-
 
+
-
+
-
 
+
-
          ↓
+
'''Results'''
-
PCR産物を電気泳動にかけ今後使用できるものか確認した
+
:(1) 3kb~4kbと、1kb周辺にバンドが確認できた
-
+
::これらはそれぞれベクター、インサートの大きさと一致するので制限酵素処理は成功していると思われる
-
【実験結果】
+
:(2) カットチェックについて以下にまとめた
-
(1)
+
::1.について
-
3kb~4kbあたりと、1kbあたりにバンドが確認できた。これはそれぞれベクター、
+
::   試料1 6kbあたりにバンドが1本見られた
-
インサートの大きさと一致するので、制限酵素処理は成功していると思われる。
+
::   試料2 6kbあたりにバンドが1本見られた
-
+
::   試料3 5kbあたりにバンドが1本見られた
-
(2)
+
:: →GFPの発現があまり見られなかった大腸菌と、
-
①→試料1      6kbあたりにバンドが1本見られた
+
::  GFPの発現が顕著に見られた大腸菌の両方で確認した結果、
-
   試料2      6kbあたりにバンドが1本見られた
+
::  前者は試料1にはバンドが確認できなかった  
-
   試料3  5kbあたりにバンドが1本見られた
+
:: →また、なぜ制限酵素が違うとバンドの大きさが違ったのかも分からなかった
-
※GFPの発現があまり見られなかった大腸菌と、GFPの発現が顕著に見られた大腸菌 
+
::2.について
-
 の両方で確認した結果、前者は試料1にはバンドが確認できなかった  
+
::   試料1 6kbあたりにバンドが1本見られた
-
※何故、制限酵素が違うとバンドの大きさも違ったのかよく分からなかった。
+
::   試料2 6kbあたりにバンドが1本見られた
-
+
::   試料3 6kbあたりにバンドが1本見られた
-
②→試料1  6kbあたりにバンドが1本見られた
+
::3.について
-
   試料2  6kbあたりにバンドが1本見られた
+
::   試料1  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
-
   試料3  6kbあたりにバンドが1本見られた
+
::   試料2  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
-
③→試料1  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
+
::   試料3  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
-
   試料2  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
+
::   試料4  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
-
   試料3  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
+
:: →3.のプラスミドは理想通りの結果が得られなかったので、破棄することにした
-
   試料4  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
+
:(3) PCR産物の電気泳動の結果、すべてバンドが検出されたので今後使用するものとする
-
     →③のプラスミドは理想通りの結果が得られなかったので、破棄することにした
+
::ただし、hemHのバンドは他のものに対し薄かった
-
+
-
(3)PCR産物の電気泳動の結果、すべてバンドが検出されたので今後使用するものとする
+
-
  だが、hemHのバンドは他のものに対し薄かった
+

Latest revision as of 11:51, 25 October 2010

August 31

>>top

Time

9:00~

Member

岩城,福山,古道,吉村
Iwaki,Fukuyama,Furumichi,Yoshimura

Purpose

  1. DNA miniprep of pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430) and pSB1A2(I13507).And digestion by restriction enzymes.[Fukuyama]
  2. Digestion of pSB6A1(K121013) by restriction enzymes.[Fukuyama]
  3. PCR of hemH,dps and yaiA.[Furumichi]
(1) pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430),pSB1A2(I13507)のアルカリミニプレップ、カットチェック [福山]
(2) アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)のカットチェック [福山]
(3) hemH,dps,yaiAのPCR [古道]

Method

(1) アルカリミニプレップ、カットチェック

DH5α pSB1A2(E0420),pSB1A2(E0430),pSB1A2(I13507)を
それぞれ1.5mlエッペンチューブにうつした
↓20℃、14,500rpmで1分間遠心して集菌した
↓上清を捨てた
↓SolutionⅠを250μl加えてピペッティングし、ボルテックスした
↓SolutionⅡを250μl加えた
↓SolutionⅢを350μl加えた
↓20℃、14,500rpmで5分間遠心した
↓上清をカラムに入れた
↓20℃、14500rpmで30秒間遠心した
↓抽出液を捨てた
↓SolutionⅣを500μlカラムに加えた
↓20℃、14,500rpmで1分間遠心した
↓抽出液を捨てた
↓SolutionⅤを700μlカラムに加えた
↓20℃、14,500rpmで30秒間遠心した
↓抽出液を捨てた
↓20℃、14,500rpmで30秒間遠心した
↓抽出液を捨てた
↓滅菌水をカラムに入れた
↓20℃、14,500rpmで30秒間遠心した
↓溶出液を回収した
↓酢酸ナトリウムとイソプロパノールを溶出液量に対して、
 それぞれ1/10倍、等量加えてまぜた
↓4℃、14,000rpmで10分間遠心した
↓上清をすて、70%エタノールを各エッペンに800μlずつ加えた
↓4℃、14,000rpmで5分間遠心した
↓上清をすて、遠心乾燥機で乾燥した
↓MilliQを30μl加えた

↓右の表1通りに調整した溶液を135Vで15分間電気泳動した
<表1>
DNA溶液5μl
Buffer H2μl
EcoRⅠ0.75μl
PstⅠ0.75μl
Milli Q11.5μl
全量20μl
(2) アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)のカットチェック
アルカリミニプレップを終えたpSB6A1(K121013)に
   1. ahpを挿入したもの
   2. sufAを挿入したもの
   3. プロモーターレスのもの
の溶液を右の表2のように、それぞれ4つないし3つ試料を作成し、
135Vで15分間電気泳動をした(試料4は3.のみ)
<表2>
DNA溶液BufferMEcoRXbaPstMilliQ
試料110μl2μl1μl7μl
試料210μl2μl1μl7μl
試料310μl2μl1μl7μl
試料410μl10μl
(3) hemH,dps,yaiAのPCR
 プライマー(Forward)、プライマー(Reverse)を
 すでにMixしたプライマー(hemH,dps,yaiA)を各1.5μLずつ、500μLのエッペンに入れた
 ↓それぞれのエッペンに下表の組成で溶液を加えた
 ↓それらを下表のプログラムでPCR反応を行った
 ↓PCR産物を電気泳動にかけ、今後使用できるものか確認した
<試薬組成>
テンプレートDNA(DH5α)各0.5μL
10×PCR Buffer for KOD-Plus-5μL
2mM d NTPs5μL
2mM MgSO44μL
MilliQ33μL
KOD-Plus-1μL
<PCRプログラム>
熱変性熱変性アニーリング伸長反応伸長反応保存
94℃94℃60℃68℃68℃4℃
2min15sec30sec38sec2min保持
30サイクル
Results
(1) 3kb~4kbと、1kb周辺にバンドが確認できた
これらはそれぞれベクター、インサートの大きさと一致するので制限酵素処理は成功していると思われる
(2) カットチェックについて以下にまとめた
1.について
   試料1 6kbあたりにバンドが1本見られた
   試料2 6kbあたりにバンドが1本見られた
   試料3 5kbあたりにバンドが1本見られた
 →GFPの発現があまり見られなかった大腸菌と、
  GFPの発現が顕著に見られた大腸菌の両方で確認した結果、
  前者は試料1にはバンドが確認できなかった  
 →また、なぜ制限酵素が違うとバンドの大きさが違ったのかも分からなかった
2.について
   試料1 6kbあたりにバンドが1本見られた
   試料2 6kbあたりにバンドが1本見られた
   試料3 6kbあたりにバンドが1本見られた
3.について
   試料1  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
   試料2  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
   試料3  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
   試料4  5kbと3kbあたりにバンドが1本ずつ見られた
 →3.のプラスミドは理想通りの結果が得られなかったので、破棄することにした
(3) PCR産物の電気泳動の結果、すべてバンドが検出されたので今後使用するものとする
ただし、hemHのバンドは他のものに対し薄かった