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August 20

No title

【時間】　9:00～

【実験担当】福山、古道、竹内、革島

【実験名】
(1)8/19(木)に作ったコンピタントセル(DH5α)の形質転換効率の計測
(2))DH5α-pSB1A2(l13522)[2-8A]とDH5α-pSB1A2(R0040)[1-6I]のプレカルチャー
(3)2%アガロースゲルの作成
(4)pSB6A1(K121013)とpSB6A1(J04450)のアルカリミニプレップ
(5)pSB6A1(J04450)とpSB3K3(J04450)のゲル抽出

【実験目的】
(1)作成したコンピタントセル(DH5α)の形質転換効率の計測
(2)pSB6A1(K121013)とpSB6A1(J04450)のプラスミドDNAの抽出
(3)pSB6A1(J04450)とpSB3K3(J04450)のゲル抽出

【実験内容】
(1)8/19(木)に以下条件で形質転換を行い、コンピタントセル(DH5α)をLB培地(+amp)で37℃,overnightで培養した
pUC19・・・・・0.005ng/μL
pUC19・・・・・0.05ng/μL
pUC19・・・・・0.5ng/μL
　　　　　　　↓
これらのプレートに出たコロニー数を数え形質転換の効率を計測した

(2)プレカルチャー
DH5α-pSB1A2(l13522)[2-8A]を液体LB培地(+amp)2mLで培養(3本)
DH5α-pSB1A2(R0040)[1-6I] を液体LB培地(+amp)2mLで培養(3本)

(3)2%アガロースゲルの作成
＜組成＞
　・1×TAE・・・・・・・・・・・・・・150mL
　・Ultra Pure Agarose・・・3g

＜手順＞
　150mLの1×TAEに3gのUltra Pure Agaroseを加えレンジで10秒ごとに加熱し、完全に溶解する
　　　　　　　　↓
　60℃くらいに冷えたらトレイに流し込み、コームを差し込む
　　　　　　　　↓
　ゲルが固まったら1×TAEにつけて冷蔵保存する

(4)
培養後のpSB6A1(K121013)とpSB6A1(J04450)を1.5mL
　 ↓4℃、15,000rpm、5min遠心
上澄みをデカンテーションで取り除く
　　↓
菌体ペレットを氷冷したSoltionⅠ100μLに懸濁(vortex)
　　↓
SolutionⅡ200μLを加え混合(vortex不可)
　　↓5min on ice
SolutionⅢ150μLを加え混合(vortex)
　　↓5min on ice
4℃、15,000rpm、10min遠心
　　↓
上澄みを新しい1.5mLマイクロチューブに移す
　　↓
等量(400μL)イソプロピルアルコールを加える
　　↓4℃、15,000rpm、20min遠心
70％EtOHを1mL加える(vortex)
　　↓4℃、15,000rpm、10min遠心
上澄みを捨てる
　↓30sec　遠心乾燥
RNase in TE30μL加えてプラスミドDNAにする

(5)pSB6A1(J04450)とpSB3K3(J04450)のゲル抽出

・材料
　プラスミドDNA(pSB6A1(J04450)とpSB3K3(J04450)
1％アガロースゲル　Seakem GTG Agarose 2枚
TAE Buffer
Buffer QG
Isopropanol
・実験操作
50V、60minで電気泳動。
　　　　　　　　　　↓
1％アガロースゲルにEtBrを添加し20min染色。
　　　　　　　　　　↓　
EtBrを取り除いた。
　　　　　　　　　　↓
暗室、UV照射化でベクターの部分を切り出し、1.5mLエッペンに入れた。
　　　　　　　　　　↓
切り出したゲルを1.5mLエッペンに入れ、重さを測った。
pSB6A1(J04450)・・・・・0.1923g
pSB3K3(J04450)・・・・・0.3637g
　　　　　　　　　　↓
ゲルの3倍量のBuffer QGを加えた。
pSB6A1(J04450)・・・・・0.5769mL
pSB3K3(J04450)・・・・・1.0911mL
　　　　　　　　　　↓　
50℃のwater bathで10min incubateした。(4分毎にvoltex)
　　　　　　　　　 ↓
溶解後ゲルと等量のisopropanolを加えた。
　　　　　　　　　　↓
カラムに移し替え、10,000rpm 1minで遠心した。
　　　　　　　　　　↓
抽出物を捨てBuffer QG 0.5mlを加えた。
　　　　　　　　　　↓
10,000rpm 1minで遠心した。
　　　　　　　　　　↓
Buffer PE 0.75ｍLを加えた。
　　　　　　　　　　↓
10,000rpm 1minで遠心した。
　　　　　　　　　　↓
エッペンの蓋を切りそこにカラムを移し替えた。
　　　　　　　　　　↓
10,000rpm 1minで遠心した。
　　　　　　　　　　↓
別のエッペンにカラムを乗せ換えMilliQ 37μL加えた。
(このエッペンの蓋は切っていない。)
　　　　　　　　　　↓
10,000rpm 1minで遠心した。
　　　　　　　　　　↓
別のチューブに5μL取り、そこにMilliQ 95μL加え20倍希釈し、OD２６０を測った。

【実験結果】
(1)
コロニー数
pUC19・・・・・0.005ng/μL・・・・・0個
　　　　　 pUC19・・・・・0.05ng/μL・・・・・・97個　　　　　→1μLあたりのコロニー数は1940×10三乗個/μg
pUC19・・・・・0.5ng/μL・・・・・・・1464個　　　　→1μLあたりのコロニー数は2928×10三乗個/μg

平均値・・・・・2.4×10六乗CFU/μg　(DH5αのコンピテンシー)

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 === No title ===
+【時間】　9:00～<BR>
+【実験担当】福山、古道、竹内、革島<BR>
+【実験名】<BR>
+(1)8/19(木)に作ったコンピタントセル(DH5α)の形質転換効率の計測<BR>
+(2))DH5α-pSB1A2(l13522)[2-8A]とDH5α-pSB1A2(R0040)[1-6I]のプレカルチャー<BR>
+(3)2%アガロースゲルの作成<BR>
+(4)pSB6A1(K121013)とpSB6A1(J04450)のアルカリミニプレップ<BR>
+(5)pSB6A1(J04450)とpSB3K3(J04450)のゲル抽出<BR>
+【実験目的】<BR>
+(1)作成したコンピタントセル(DH5α)の形質転換効率の計測<BR>
+(2)pSB6A1(K121013)とpSB6A1(J04450)のプラスミドDNAの抽出<BR>
+(3)pSB6A1(J04450)とpSB3K3(J04450)のゲル抽出<BR>
+【実験内容】<BR>
+(1)8/19(木)に以下条件で形質転換を行い、コンピタントセル(DH5α)をLB培地(+amp)で37℃,overnightで培養した<BR>
+pUC19・・・・・0.005ng/μL<BR>
+pUC19・・・・・0.05ng/μL<BR>
+pUC19・・・・・0.5ng/μL<BR>
+　　　　　　　↓<BR>
+これらのプレートに出たコロニー数を数え形質転換の効率を計測した<BR>
+(2)プレカルチャー<BR>
+DH5α-pSB1A2(l13522)[2-8A]を液体LB培地(+amp)2mLで培養(3本)<BR>
+DH5α-pSB1A2(R0040)[1-6I] を液体LB培地(+amp)2mLで培養(3本)<BR>
+(3)2%アガロースゲルの作成<BR>
+＜組成＞<BR>
+　・1×TAE・・・・・・・・・・・・・・150mL<BR>
+　・Ultra Pure Agarose・・・3g<BR>
+＜手順＞<BR>
+mLの1×TAEに3gのUltra Pure Agaroseを加えレンジで10秒ごとに加熱し、完全に溶解する<BR>
+　　　　　　　　↓<BR>
+℃くらいに冷えたらトレイに流し込み、コームを差し込む<BR>
+　　　　　　　　↓<BR>
+　ゲルが固まったら1×TAEにつけて冷蔵保存する<BR>
+(4)<BR>
+培養後のpSB6A1(K121013)とpSB6A1(J04450)を1.5mL<BR>
+　 ↓4℃、15,000rpm、5min遠心<BR>
+上澄みをデカンテーションで取り除く<BR>
+　　↓<BR>
+菌体ペレットを氷冷したSoltionⅠ100μLに懸濁(vortex)<BR>
+　　↓<BR>
+SolutionⅡ200μLを加え混合(vortex不可)<BR>
+　　↓5min on ice<BR>
+SolutionⅢ150μLを加え混合(vortex)<BR>
+　　↓5min on ice<BR>
+℃、15,000rpm、10min遠心<BR>
+　　↓<BR>
+上澄みを新しい1.5mLマイクロチューブに移す<BR>
+　　↓<BR>
+等量(400μL)イソプロピルアルコールを加える<BR>
+　　↓4℃、15,000rpm、20min遠心<BR>
+％EtOHを1mL加える(vortex)<BR>
+　　↓4℃、15,000rpm、10min遠心<BR>
+上澄みを捨てる<BR>
+　↓30sec　遠心乾燥<BR>
+RNase in TE30μL加えてプラスミドDNAにする<BR>
+(5)pSB6A1(J04450)とpSB3K3(J04450)のゲル抽出<BR>
+・材料<BR>
+　プラスミドDNA(pSB6A1(J04450)とpSB3K3(J04450)<BR>
+％アガロースゲル　Seakem GTG Agarose 2枚<BR>
+TAE Buffer<BR>
+Buffer QG<BR>
+Isopropanol<BR>
+・実験操作<BR>
+V、60minで電気泳動。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+％アガロースゲルにEtBrを添加し20min染色。<BR>
+　　　　　　　　　　↓　<BR>
+EtBrを取り除いた。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+暗室、UV照射化でベクターの部分を切り出し、1.5mLエッペンに入れた。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+切り出したゲルを1.5mLエッペンに入れ、重さを測った。<BR>
+pSB6A1(J04450)・・・・・0.1923g<BR>
+pSB3K3(J04450)・・・・・0.3637g<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+ゲルの3倍量のBuffer QGを加えた。<BR>
+pSB6A1(J04450)・・・・・0.5769mL<BR>
+pSB3K3(J04450)・・・・・1.0911mL<BR>
+　　　　　　　　　　↓　<BR>
+℃のwater bathで10min incubateした。(4分毎にvoltex)<BR>
+　　　　　　　　　    ↓<BR>
+溶解後ゲルと等量のisopropanolを加えた。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+カラムに移し替え、10,000rpm  1minで遠心した。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+抽出物を捨てBuffer QG 0.5mlを加えた。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+,000rpm  1minで遠心した。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+Buffer PE 0.75ｍLを加えた。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+,000rpm  1minで遠心した。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+エッペンの蓋を切りそこにカラムを移し替えた。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+,000rpm  1minで遠心した。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+別のエッペンにカラムを乗せ換えMilliQ 37μL加えた。<BR>
+(このエッペンの蓋は切っていない。)<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+,000rpm  1minで遠心した。<BR>
+　　　　　　　　　　↓<BR>
+別のチューブに5μL取り、そこにMilliQ 95μL加え20倍希釈し、OD２６０を測った。<BR>
+【実験結果】<BR>
+(1)<BR>
+コロニー数<BR>
+pUC19・・・・・0.005ng/μL・・・・・0個<BR>
+pUC19・・・・・0.05ng/μL・・・・・・97個　　　　　→1μLあたりのコロニー数は1940×10三乗個/μg<BR>
+pUC19・・・・・0.5ng/μL・・・・・・・1464個　　　　→1μLあたりのコロニー数は2928×10三乗個/μg<BR>
+平均値・・・・・2.4×10六乗CFU/μg　(DH5αのコンピテンシー)<BR>