Team:HokkaidoU Japan/Notebook/August18

From 2010.igem.org

Revision as of 05:04, 19 September 2010 by Sprkata (Talk | contribs)

RBS digestionのリベンジ

HokkaidoU Japan 20100818a.JPG
1-2M 10 uL
DW 4 uL
10x M Buffer 2 uL
BSA 2 uL
Xba I 1 uL
Pst I 1 uL
Total 20 uL

→37℃で60分インキュベーション

  • 4 uL 6x Sample Bufferを加え,12 uLずつ電気泳動した

→ゲル抽出
→10 uLを電気泳動で確認(TSUDA Marker 1)

だめぽでした!

  • おそらくゲル抽出後の吸着でうまくいかず,流れてしまった(小さすぎた)

Ligation

Ligationに必要なDNA Solutionの調製

パーツ λ/Hind IIIと比べて (ng/10 uL) ng/uL 割合 size (bp) 必要 (ng) 使用 (uL)
Vector 50 ng/10 uL 5 ng/uL 1 2000 bp 10 ng 2 uL
RFP 250 ng/uL 25 ng/10 uL 2 700 bp 7 ng 0.3 uL
double terminator 5 ng/uL 0.5 ng/uL 2 200 bp 2 ng 4 uL
Total 6.3 uL

Ligation & Transformation

DNA solution 6.3 uL
Ligation solution 6.3 uL
T4 ligase 1 uL
  • 16℃,30 min
  • competent cell 50 uLに全量加えた(Transformation)
  • 0℃,30 min
  • 42℃,60 sec
  • 5 min on ice
  • add LB 100 uL
  • 37℃,120 min
  • spread onto the LBC
  • 37℃,15~20 hrs


RBS 再リベンジ

Digestion後,エタ沈で回収を試みた

Digestion (Xba I, Pst I)

(RBS)1-2M 10 uL
DW 4 uL
10x M Buffer 2 uL
BSA 2 uL
Xba I 1 uL
Pst I 1 uL
Total 20 uL

→37℃,60 min

エタ沈

  • 2 uLの3 M 酢酸ナトリウムを加えた
  • 44 uLのエタノールを加えた
  • 液体窒素の中で凍らせた(1.5 mLのチューブに移す
  • 溶かしてから15,000 rpm @4℃で5分間遠心した
  • 上清をほかのチューブに移した(一応これも遠心し,上清を捨て,同じ操作をした)
  • 100 uLの70%エタノールで壁をリンスし,15,000 rpm @4℃で5分間遠心した
  • 上清を捨て,真空デシケータで乾燥させた
  • TE 5 uLで溶かした

電気泳動

HokkaidoU Japan 20100818b.JPG
  • TEで溶かしたDNA Solution 1 uLに6x SB 1 uLを加えた
  • 最初にとった上清も同じ操作をした
レーン
2 TSUDA Marker 1
3 上清
4 DNA solution
  • DNA solutionにしっかり回収されていた