Team:Cambridge/Oligos

Biobrick forward primer

>BBa_G00100 Part-only sequence (20 bp) tgccacctgacgtctaagaa

Biobrick backwards primer

>BBa_G00101 Part-only sequence (20 bp) attaccgcctttgagtgagc

Notes on alterations to the SLOCK pHK724 clone

• The sequence which SLOCK sent us is just the sequence which is found on NCBI (found by sequence alignment of the two sequences)
• We do not know exactly what is in the plasmid, maybe some information can be found in the references here
• From the annotated start of the lux ICDABEG operon from NCBI there are no restriction sites in conflict with the BioBrick standards.
• Editing ideas:
  • Remove I and G regions from the operon (are these useful?)
  • Attach suffices and prefixes
  • Is this sufficient to then put into a BioBrick? what Chassis should we use?
• A good summary of the lux operon with quality references
• How to design a RBS

luxICDABE operon

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luxR

ATGAAAAACATAAATGCCGACGACACATACAGAATAATTAATAAAATTAA AGCTTGTAGAAGCAATAATGATATAATCAATGCTTATCTGATATGACTAA AATGGTACATTGTGAATATTATTTATTCGCGATCATTTATCCTCATTCTA TGGTTAAATCTGATATTTCAATCTAGATAATTACCCTAAAAAATGGAGGC AATATTATGATGACGCTAATTTAATAAAATATGATCCTATAGTAGATTAT TCTAACTCCAATCATTCACCAATTAATTGGAATATATTTGAAAACAATGC TGTAAATAAAAAATCTCCAAATGTAATTAAGAAGCGAAAACATCAGGTCT TATCACTGGGTTTAGTTTCCCTATTCATACGGCTAACAATGCCTTCGGAA TGCTTAGTTTTGCACATTCAGAAAAAGACAACTATATAGATAGTTTATTT TTACATGCGTGTATGAACATACCATTAATTGTTCCTTCTCTAGTGTATAA TTATCGAAAAATAAATATAGCAAATAATAAATCAAACAACGATTTAACCA AAAGAGAAAAAGAATGTTTAGCGTGGGCATGCGAAGGAAAAGGCTCTTGG GATATTTCAAAAATATTAGGCTGCAGTGAGCGTACTGTCACTTTCCATTT AACCAATGCGCAAATGAAACTCAATACACCAAACCGCTGCCAAAGTATTT CTAAAGCAATTTTAACAGGAGCAATTGATTGCCCATACTTTAAAAATTAA

Thioesterase

ygcB gene from E. Coli K12 to over-express thioesterase: GTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTACCACGCCAGTTACGTCGCTTTTTATGAAA GAGCACGCACAGAGATGCTGCGTCATCATCACTTCAGTCAGCAGGCGCTGATGGCTGAACGCGTTGCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTA CGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCTCGAAATACAGACTGAAATAACATCAATGCGTGGCACCTCTTTGGTTTTCACGCAACGTATTGTCAACGCCGAG AATACTTTGCTGAATGAAGCAGAGGTTCTGGTTGTTTGCGTTGACCCACTCAAAATGAAGCCTCGTGCGCTTCCCAAGTCTATTGTCGCGGAGTTTAAGC AGTGA

Forward primer: gaattcgcggccgcttctagagGTGAATACAACGCTGTTTCG prefix + 20bp