Team:Uppsala-SwedenWeek6

From 2010.igem.org

Week-6

Design of the plasmids and biobricks

We decided to design 3 band-detect constructs. Each one with the same set up of genes but differentiating by the promotors sensitivity of activators or repressors and the fluorescent proteins are different between the constructs as well.

Plasmid representation:

We used the Arhenius software to get a pictorial design of our plasmids. Please find the images of the different plasmids given below. These images were very helpful in the flowchart design stage of our project. Moreover having a pictorial representation of the project made it easier to explain it to others.

Plasmid-1Plasmid-2Plasmid-3Plasmid-4Plasmid-5Plasmid-6


Flowchart for Construction of the plasmids:

Flowchart-sheet1Flowchart-sheet2Flowchart-sheet3Flowchart-sheet4 Flowchart-sheet5

Biobricks details

 

Part BBa_

Name

PCR length

Length (bp)

Plasmid Length

Total Length=B2+C2

Plasmid

Plasmid number

Plate

Well

Antibiotics

Sequencing

Quality (Gel, Q, P)

Function

 

F 2621

F2

1396

1158

2079

3237

PSB1A2

All

2

21F

Amp

Confirmed

Bad, OK, OK

Sensor

 

F 1610

F1

1114

798

3189

3987

pSB1Ak3

AHL Relay

2

24G

Amp & Km

Confirmed

OK, OK, OK

AHL generator

 

I 746350

F17

475

237

2079

2316

pSB1A2

1 & 4

2

12C

Amp

Partially

OK, OK, OK

Activator in sensitivity tuner

 

I 746352

F4

502

264

2079

2343

pSB1A2

2,3,5 & 6

2

12G

Amp

Partially

OK, OK, OK

Activator in sensitivity tuner

 

B0015

F5

445

129

3189

3318

pSB1AK3

All

1

23L

Amp & Km

Confirmed

OK, OK, OK

Terminator

 

I746360

F6

329

91

2079

2170

pSB1A2

1 & 4

2

12I

Amp

Confirmed

OK, OK, OK

Lower level promotor

 

I746364

F7

331

93

2079

2172

pSB1A2

2 & 5

2

12O

Amp

Confirmed

OK, OK, OK

Lower level promotor

 

I746365

F8

330

92

2079

2171

pSB1A2

3 & 6

2

14A

Amp

Inconsistent

OK, OK, OK

Lower level promotor

 

Q04510

F9

1303

987

4425

5412

pSB2K3

All

1

18B

Km

Confirmed

OK, Low, OK

Inverter

 

P0412

F10

1546

1308

2079

3387

pSB1A2

All

3

6P

Amp

Confirmed

OK, OK, OK

Lower level repressor

 

I746361

F11

330

92

2079

2171

pSB1A2

1,2,4 & 5

2

12K

Amp

Confirmed

OK, OK, OK

Higher level promotor

 

R0010

F12

438

200

2079

2279

pSB1A2

4,5 & 6

1

1D

Amp

Confirmed

OK, OK, OK

Regulatory promotor

 

I0460

F16

1285

969

3189

4158

pSB1AK3

4,5 & 6

2

24I

Amp & Km

Partially

OK, OK, OK

AiiA generator

 

I13504

F13

1113

875

2079

2954

pSB1A2

1 (GFP)

1

22I

Amp

Confirmed

OK, High, OK

GFP Generator

 

I13507

F14

1099

861

2079

2940

pSB1A2

2 (RFP)

1

22O

Amp

Confirmed

OK, High, OK

RFP Generator

 

E0430

F15

1116

878

2079

2957

pSB1A2

3 (YFP)

1

8I

Amp

Confirmed

OK, High, OK

YFP Generator

 

B0034

F3

250

12

2079

2091

pSB1A2

4,5 & 6

1

2M

Amp

Confirmed

OK, High, OK

RBS

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-F1610

G1

2262

1956

2072

4028

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

R0010-F1610

G2

1312

1006

2072

3078

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746350

G3

1718

1403

2206

3609

pSB1K3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746352

G4

1745

1430

2206

3636

pSB1K3

 

 

 

 

 

 

 

 

Q04510-P0412

G5

2609

2303

2072

4375

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

P0412-R0010

G6

1822

1516

2072

3588

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746350-B0015

H1

1846

1540

2072

3612

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746352-B0015

H2

1873

1567

2072

3639

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

I746360-Q04510-P0412

H3

2717

2402

2206

4608

pSB1K3

 

 

 

 

 

 

 

 

I746361-Q04510-P0412

H4

2718

2403

2206

4609

pSB1K3

 

 

 

 

 

 

 

 

I746364-Q04510-P0412

H5

2719

2404

2206

4610

pSB1K3

 

 

 

 

 

 

 

 

I746361-P0412-R0010

H6

1931

1616

2206

3822

pSB1K3

 

 

 

 

 

 

 

 

I746364-P0412-R0010

H7

1932

1617

2206

3823

pSB1K3

 

 

 

 

 

 

 

 

I746365-P0412-R0010

H8

1931

1616

2206

3822

pSB1K3

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746350-B0015-I746360-Q04510-P0412

I1

4265

3950

2157

6107

pSB1A3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746352-B0015-I746361-Q04510-P0412

I2

4293

3978

2157

6135

pSB1A3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746352-B0015-I746364-Q04510-P0412

I3

4294

3979

2157

6136

pSB1A3

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746350-B0015-I746360-Q04510-P0412-I746361-P0412-R0010

J1

5890

5574

2463

8037

pSB1T3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746352-B0015-I746361-Q04510-P0412-I746364-P0412-R0010

J2

5919

5603

2463

8066

pSB1T3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746352-B0015-I746364-Q04510-P0412-I746365-P0412-R0010

J3

5919

5603

2463

8066

pSB1T3

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746350-B0015-I746360-Q04510-P0412-I746361-P0412-R0010-I13504

K1 BBa_K379000

6691

6385

2072

8457

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746352-B0015-I746361-Q04510-P0412-I746364-P0412-R0010-I13507

K2 BBa_K379001

7493

7187

2072

9259

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746352-B0015-I746364-Q04510-P0412-I746365-P0412-R0010-E0430

K3 BBa_K379002

6723

6417

2072

8489

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746350-B0015-I746360-Q04510-P0412-I746361-P0412-R0010-I0460

K4

6785

6479

2072

8551

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746352-B0015-I746361-Q04510-P0412-I746364-P0412-R0010-I0460

K5

7601

7295

2072

9367

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

F2621-I746352-B0015-I746364-Q04510-P0412-I746365-P0412-R0010-I0460

K6

6814

6508

2072

8580

pSB1C3

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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